PDB-181d: SEQUENCE-DEPENDENT MICROHETEROGENEITY OF Z-DNA: THE CRYSTAL AND M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 181d

タイトル

SEQUENCE-DEPENDENT MICROHETEROGENEITY OF Z-DNA: THE CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURES OF D(CACGCG).D(CGCGTG) AND D(CGCACG).D(CGTGCG)

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Sadasivan, C. / Gautham, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Sequence-dependent microheterogeneity of Z-DNA: the crystal and molecular structures of d(CACGCG).d(CGCGTG) and d(CGCACG).d(CGTGCG).
著者: Sadasivan, C. / Gautham, N.

履歴

登録	1994年7月22日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1995年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	181d.cif.gz	17 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb181d.ent.gz	9.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	181d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/81/181d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/81/181d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	180dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	242d-d 6aqw-4 5ebi-1 6aqw-1 351d-d 6aqx-2 1xam-1 1dn4-d 2htt-1 5ebi-4 3gcy-d 6aqw-2 1vty-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')

3.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.760, 30.960, 44.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPCPGPCPG)-3') 分子量: 1794.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPTPG)-3') 分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.63 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: pH 6.90, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	NA CACODYLATE	1	1
3	MGCL2	1	1
4	SPERMINE	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6.9

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	1 mM	duplex DNA	1	drop
2	50 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	24 mM	magnesium chloride	1	drop
4	0.1 mM	spermine	1	drop
5	45 %	MPD	1	reservoir
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 296 K
検出器	タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 3912
反射	PLUS 最高解像度*: 1.6 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数	%反射
obs	0.199	2625	75 %

Refine B_iso

クラス	Refine-ID
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	0	42	282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it	8.19	4
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it	9.4	6
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it	11.02	8
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it	11.83	10
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d	0.014	0.02
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d	0.041	0.04
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d	0.127	0.07
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d	0.076	0.07
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr	0.006	0.02
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr	0.034	0.03
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd	0.118	0.063
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd	0.185	0.063
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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