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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 161d | ||||||||||||||||||
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タイトル | A SINGLE 2'-HYDROXYL GROUP CONVERTS B-DNA TO A-DNA: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-RNA CHIMERIC DECAMER DUPLEX D(CCGGC)R(G)D(CCGG) WITH A NOVEL INTERMOLECULAR G.C BASE-PAIRED QUADRUPLET | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-D(*![]() DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid | ![]() 手法 | ![]() ![]() Ban, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: A single 2'-hydroxyl group converts B-DNA to A-DNA. Crystal structure of the DNA-RNA chimeric decamer duplex d(CCGGC)r(G)d(CCGG) with a novel intermolecular G-C base-paired quadruplet. 著者: Ban, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3062.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 8769 / Num. obs: 2837 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.021 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | |||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 2753 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 136 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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