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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 158d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF C-C-A-A-G-C-T-T-G-G AND ITS IMPLICATIONS FOR BENDING IN B-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Grzeskowiak, K. / Goodsell, D.S. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Cascio, D. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Crystallographic analysis of C-C-A-A-G-C-T-T-G-G and its implications for bending in B-DNA. 著者: Grzeskowiak, K. / Goodsell, D.S. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Cascio, D. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 364.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 278.00K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 4165 / Num. obs: 4095 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge F obs: 0.0561 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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