PDB-14xl: Crystal Structure of FtsZ with Z33546965

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 14xl

タイトル

Crystal Structure of FtsZ with Z33546965

要素

Cell division protein FtsZ

キーワード

CELL CYCLE / tuberculosis / FtsZ / cell division

機能・相同性

機能・相同性情報

division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Meeks, K.R. / Kreitler, D.F. / Lazo, E.O.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of FtsZ with Z33546965
著者: Meeks, K.R. / Kreitler, D.F. / Lazo, E.O.

履歴

登録	2026年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	14xl.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb14xl.ent.gz	103.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	14xl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/4x/14xl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/4x/14xl	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002379 (150エントリ) 14uh 14ui 14uj 14uk 14ul 14um 14un 14uo 14up 14uq
タイトル	PanDDA analysis group deposition of Mycobacterium tuberculosis FtsZ fragment screen
タイプ	undefined
解説	M. tuberculosis FtsZ fragment screen against Enamine DSI-poised and Life Chemicals fragment diversity set #3 libraries. Ligands in DMSO were acoustically transferred to crystal drops. Refined ensemble models for hit ligands placed into PanDDA event maps. Changed and ground states within ensembles are designated with altloc labels for each atom. Atoms with no altlocs are assumed to be in the same position in each state. Event maps are primary binding evidence and are appended as additional blocks in structure factor CIF files. All sets of structure factors used for PanDDA analysis are included in this deposition. Structure factors for unmodeled and solvent test datasets not refined to convergence have been concatenated into a multi-block structure factor file with a corresponding representative structure. Chemical information for each added ligand is included for modeled and unmodeled ligand datasets in the _diffrn.crystal_treatment key value pair.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (8) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cell division protein FtsZ

B: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.426, 88.426, 179.273
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Cell division protein FtsZ 分子量: 38790.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌) 遺伝子: ftsZ, MT2209 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WN94
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ONQ / ~{N}-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-4-methoxy-benzamide 分子量: 208.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 15.6% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.919764 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月7日 / 詳細: KB
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919764 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→42.927 Å / Num. obs: 46114 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.265 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.275 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 617351
反射シェル	解像度: 2.1→2.137 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 2.403 / Num. measured all: 28044 / Num. unique obs: 2275 / CC_1/2: 0.33 / R_pim(I) all: 0.715 / R_rim(I) all: 2.508

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
autoPROC	1.0.5	データ削減
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
DIMPLE		位相決定
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
gemmi	0.7.3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→42.964 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / WR_factor R_free: 0.209 / WR_factor R_work: 0.168 / SU B: 5.758 / SU ML: 0.14 / Average fsc free: 0.958 / Average fsc work: 0.9688 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2218	2345	5.086 %
R_work	0.1813	43764	-
all	0.183	-	-
obs	-	46109	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.005 Å²	0.002 Å²	-0 Å²
2-	-	0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4230	0	20	308	4558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.775	6223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.583	1.732	10394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.951	5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.505	5.5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.672	10	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.142	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.466	0.2	5413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.112	0.2	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.997	3.584	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.993	3.584	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.506	6.431	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.507	6.432	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.546	4.179	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.546	4.18	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.021	7.423	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.02	7.424	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.767	36.624	5164
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.719	36.442	5096

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.33	140	0.314	3264	0.315	3405	0.92	0.928	99.9706	0.317
2.155-2.214	0.321	150	0.293	3157	0.295	3308	0.928	0.937	99.9698	0.294
2.214-2.278	0.328	161	0.306	3030	0.307	3193	0.923	0.931	99.9374	0.303
2.278-2.348	0.289	173	0.238	2934	0.241	3107	0.944	0.961	100	0.23
2.348-2.424	0.274	195	0.219	2856	0.222	3051	0.951	0.968	100	0.209
2.424-2.509	0.264	167	0.214	2772	0.217	2939	0.953	0.97	100	0.199
2.509-2.603	0.237	140	0.203	2712	0.204	2852	0.967	0.974	100	0.184
2.603-2.709	0.236	137	0.188	2589	0.191	2726	0.966	0.979	100	0.168
2.709-2.829	0.226	140	0.176	2465	0.178	2605	0.97	0.982	100	0.155
2.829-2.967	0.224	125	0.168	2368	0.171	2493	0.969	0.983	100	0.15
2.967-3.126	0.205	119	0.167	2280	0.169	2399	0.971	0.983	100	0.152
3.126-3.315	0.227	114	0.163	2127	0.166	2242	0.968	0.984	99.9554	0.152
3.315-3.542	0.201	100	0.17	2039	0.172	2139	0.977	0.983	100	0.161
3.542-3.824	0.206	102	0.156	1866	0.158	1968	0.973	0.986	100	0.15
3.824-4.186	0.183	74	0.149	1742	0.15	1816	0.981	0.987	100	0.152
4.186-4.674	0.172	85	0.135	1568	0.137	1653	0.983	0.99	100	0.143
4.674-5.387	0.165	69	0.152	1376	0.152	1445	0.985	0.988	100	0.162
5.387-6.571	0.204	78	0.164	1162	0.167	1240	0.978	0.986	100	0.169
6.571-9.187	0.166	51	0.122	919	0.124	970	0.985	0.991	100	0.138
9.187-42.964	0.239	26	0.182	538	0.184	564	0.951	0.977	100	0.208

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