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万見
- PDB-13yo: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Enterovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 13yo
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Enterovirus D68 3Dpol in complex with Z19735981
要素3Dpol RNA Dependent RNA Polymerase
キーワードTRANSFERASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / GTP binding / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...: / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-phenoxy-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Biswas, I. / Ruiz, F.X. / Saini, M. / Balcomb, B.H. / von Delft, F. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171110 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Biswas, I. / Ruiz, F.X. / Saini, M. / Balcomb, B.H. / von Delft, F. / Arnold, E.
履歴
登録2026年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3Dpol RNA Dependent RNA Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,22719
ポリマ－52,9581
非ポリマー1,26918
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.304, 82.980, 58.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3Dpol RNA Dependent RNA Polymerase


分子量: 52958.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F1T146, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 6種, 345分子

#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-VVY / 2-phenoxy-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one


分子量: 205.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCl (pH 8.5), 16% PEG 3350, 16% Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92203 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92203 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→82.81 Å / Num. obs: 77059 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 413364 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.521.116376619170.311.0561.5410.346.1
8.07-82.816.20.03634555530.9970.0160.03978.499.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.47→55.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.56 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 3802 5.1 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.1943 70824 88.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.76 Å2 / Biso mean: 25.339 Å2 / Biso min: 9.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å2-0 Å20.31 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→55.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 85 327 4051
Biso mean--47.79 33.12 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.6525127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.5838401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9475456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90322.324185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13315646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2421519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0182.3571827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.012.3561826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7033.532282
LS精密化 シェル解像度: 1.473→1.511 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 105 -
Rwork0.442 1767 -
all-1872 -
obs--30 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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