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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 13ha | |||||||||
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| Title | The structure of Fab_C1 in complex with CD30 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / high-affinity binding / immune suppression / tumour growth suppressor / cell signalling / cytokine receptor | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of TRAIL production / TNFs bind their physiological receptors / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / protease binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular exosome ...positive regulation of TRAIL production / TNFs bind their physiological receptors / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / protease binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Mallette, E. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Suits, M.D.L. / Sidhu, S.S. | |||||||||
| Funding support | Canada, 2items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2026Title: Strategy for modular assembly of tetravalent, multispecific antibodies. Authors: Mallette, E. / Blazer, L.L. / Hokanson, C.A. / Chen, C. / Perez, J.G. / Pavlenco, A. / Ploder, L. / Singer, A.U. / Suits, M.D.L. / Bhakta, S. / Junutula, J.R. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 13ha.cif.gz | 257.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb13ha.ent.gz | 181.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 13ha.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/3h/13ha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/3h/13ha | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 13dsC ![]() 13dtC ![]() 13flC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
| #3: Protein | Mass: 11263.815 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TNFRSF8, CD30, D1S166E / Plasmid: PSDCSTADetails (production host): C-terminal 6-His tag with thrombin cleavage site N-terminal to 6His Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P28908 |
|---|
-Antibody , 2 types, 2 molecules BC
| #1: Antibody | Mass: 24214.174 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K123Q and E154G Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND SELECTED BY PHAGE DISPLAY. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PSDCSTA / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|---|
| #2: Antibody | Mass: 23225.684 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND SELECTED BY PHAGE DISPLAY. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PSDCSTA / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 5 types, 558 molecules 








| #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 20% PEG3350 and 0.1M Bis-tris methane, pH 5.5. Cryoprotected with the same buffer plus 30% ethylene glycol Temp details: room temperature |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.919907 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 10, 2026 / Details: mirrors |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.919907 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→220.04 Å / Num. obs: 46203 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 12 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.421 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2246 / CC1/2: 0.394 / Rpim(I) all: 0.808 / Rrim(I) all: 2.557 / % possible all: 99 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→47.56 Å / SU ML: 0.2196 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.7877 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.56 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 2items
Citation


PDBj



