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- PDB-13gq: 95-bp double-stranded DNA minicircle: poly(A:T) model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 13gq
タイトル95-bp double-stranded DNA minicircle: poly(A:T) model
要素(DNA (95-MER)) x 2
キーワードDNA / DNA minicircle
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.27 Å
データ登録者Liu, Y. / Qin, P.Z.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM145341 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131901 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127086 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of a 95-base-pair double-stranded DNA minicircle at 5.3 Å resolution.
著者: Yukang Liu / Kyu-Yeon Lee / Yao He / Donggyun Kim / Hongjian Chang / Vadim Cherezov / Juli Feigon / Peter Z Qin /
要旨: Double-stranded DNA minicircles have been observed in a variety of biological settings and are also widely employed in biotechnology, therapeutic applications, and basic research. Here, we report a ...Double-stranded DNA minicircles have been observed in a variety of biological settings and are also widely employed in biotechnology, therapeutic applications, and basic research. Here, we report a cryo-EM structure of a 95-base-pair minicircle (dsMC95) at a 5.3 Å resolution. dsMC95 forms a closed ring as designed and no severe local duplex disruption is observed. The two DNA strands are fully resolved, with the major and minor grooves clearly distinguishable. Analysis reveals a nine-fold periodicity in the helical twist, which corresponds to approximately 10.56 base pairs per turn. Together with groove width analysis, the data indicate that dsMC95 maintains a B-DNA configuration. The dsMC95 ring exhibits modest in-plane ellipticity and small out-of-plane displacement, with outward-facing grooves widened and inward-facing ones compressed. The dsMC95 structure, which is the only free DNA cryo-EM structure with a resolution better than 6 Å to date, allows comparison to other structures to better understand DNA physical features such as bending. The findings advance our understanding of DNA structure under topological constraints and will inform studies of naturally occurring small circular DNA as well as the manipulation of DNA in nanotechnology applications.
履歴
登録2026年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年9月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
i: DNA (95-MER)
j: DNA (95-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5632
ポリマ－58,5632
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 DNA (95-MER)


分子量: 29709.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The deposited coordinates represent a surrogate poly(dA) sequence instead of the actual DNA sequence
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (95-MER)


分子量: 28853.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The deposited coordinates represent a surrogate poly(dT) sequence instead of the actual DNA sequence.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN
配列の詳細The coordinates contain an A-T only DNA model because the map does not support sequence-specific ...The coordinates contain an A-T only DNA model because the map does not support sequence-specific assignment. The actual DNA sequences are: CGATCAAGCCAGTGATAAGTGGAATGCCATGTGGTAAGATCGGTAGTCGTAGGCTCTCAA CTCGTATTCATCAACTGCATTCTGCCTACGACTAC and GTAGTCGTAGGCAGAATGCAGTTGATGAATACGAGTTGAGAGCCTACGACTACCGATCTT ACCACATGGCATTCCACTTATCACTGGCTTGATCG.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Synthetic 95-bp double-stranded DNA minicircleCOMPLEXall0SYNTHETIC
2DNA (95-MER)COMPLEX#11SYNTHETIC
3DNA (95-MER)COMPLEX#21SYNTHETIC
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.0587 MDaNO
210.0293 MDaNO
310.0294 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32synthetic construct (人工物)32630
43synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 8.0) and 1 mM EDTA
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride1
21 mMEthylenediaminetetraacetic acid disodium salt1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 30028

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIXモデル精密化
5cryoSPARCCTF補正
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1412668
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 344629 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 401.63 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00484368
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79036737
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0389760
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054190
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.08432274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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