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Yorodumi- PDB-12ss: Crystal Structure of Superoxide dismutase from Cryptosporidium parvum -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 12ss | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Superoxide dismutase from Cryptosporidium parvum | |||||||||
Components | Superoxide dismutase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Superoxide dismutase / Cryptosporidium parvum | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsuperoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Cryptosporidium parvum Iowa II (eukaryote) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal Structure of Superoxide dismutase from Cryptosporidium parvum Authors: Liu, L. / Ung, A.R. / Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 12ss.cif.gz | 475.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb12ss.ent.gz | 391.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 12ss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2s/12ss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2s/12ss | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23549.318 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: P26-S221 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptosporidium parvum Iowa II (eukaryote)Gene: cgd5_3230 / Plasmid: CrpaA.01199.a.B2 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.42 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Berkeley D6: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES pH 5.5, 200 mM Ammonium acetate. ChtrB.20815.a.B1.PW39484 at 13.5 mg/mL. Metal assigned as Mn acquired from expression. P31 twinned, plate 20585 ...Details: Berkeley D6: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES pH 5.5, 200 mM Ammonium acetate. ChtrB.20815.a.B1.PW39484 at 13.5 mg/mL. Metal assigned as Mn acquired from expression. P31 twinned, plate 20585 D6 drop1, Puck: PSL-2101, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jan 31, 2026 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.01→46.4 Å / Num. obs: 161236 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 14.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.01→2.06 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.437 / Num. measured all: 65931 / Num. unique obs: 6024 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 0.454 / Rrim(I) all: 1.507 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01→46.4 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 27.56 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→46.4 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Cryptosporidium parvum Iowa II (eukaryote)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation
PDBj








