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Yorodumi- PDB-12rh: Structure of turkey hemoglobin A covalently bound with epigalloca... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 12rh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of turkey hemoglobin A covalently bound with epigallocatechin gallate | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | OXYGEN TRANSPORT / caffeic acid / antioxidant | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhaptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.995 Å | ||||||
Authors | Bingman, C.A. / Yin, J. / Smith, R.W. / Richards, M.P. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Agric.Food Chem. / Year: 2026Title: Oxidative Characteristics of Turkey Hemoglobin A Containing Covalently Bound Epigallocatechin Gallate. Authors: Yin, J. / Zhang, W. / Tatiyaborworntham, N. / Bingman, C.A. / Richards, M.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 12rh.cif.gz | 435.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb12rh.ent.gz | 302.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 12rh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2r/12rh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2r/12rh | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 12rmC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 14913.244 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 16329.866 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 375 molecules 






| #3: Chemical | | #4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.97 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: THE CONCENTRATION OF HB-EGCG ADDUCT WAS 16 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 8.0. THE CRYSTALLIZATION RESERVOIR WAS 20% PEG3350, 0.1 M RACEMIC MALIC ACID, 0.05 M HEPES PH 7.0. 200 NL PROTEIN + 150 NL ...Details: THE CONCENTRATION OF HB-EGCG ADDUCT WAS 16 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 8.0. THE CRYSTALLIZATION RESERVOIR WAS 20% PEG3350, 0.1 M RACEMIC MALIC ACID, 0.05 M HEPES PH 7.0. 200 NL PROTEIN + 150 NL RESERVOIR. SET BY MOSQUITO IN MRC SD2 PLATES, 50 MICROLITER RESERVOIRS |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033202 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.033202 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.995→48.31 Å / Num. obs: 40813 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 8.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.995→39.58 Å / SU ML: 0.2994 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.552 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 47.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.995→39.58 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj







