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Yorodumi- PDB-12av: Human Ornithine Aminotransferase cocrystallized with its inhibito... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 12av | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Human Ornithine Aminotransferase cocrystallized with its inhibitor,(3S,4S)-3-amino-4-cyanocyclopent-1-ene-1-carboxylic acid | ||||||
Components | Ornithine aminotransferase, mitochondrial | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Aminotransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationornithine aminotransferase / L-ornithine transaminase activity / Glutamate and glutamine metabolism / L-glutamine catabolic process / L-proline biosynthetic process / L-glutamate catabolic process / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | ||||||
Authors | Corrigan, M.C. / Wang, F. / Silverman, R.B. / Liu, D. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2026Title: Mechanism-Based Inactivation of Human Ornithine Aminotransferase by Ethynyl- and Nitrile-Substituted Cyclopentene Analogues of gamma-Aminobutyric Acids. Authors: Wang, F. / Corrigan, M.C. / Le, N.H.V. / Duan, D. / Smith, C.O. / Moran, G.R. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 12av.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb12av.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 12av.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2a/12av ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2a/12av | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 12alC ![]() 12axC ![]() 12ayC ![]() 12azC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 48593.668 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OAT / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-A1DBF / Mass: 381.277 Da / Num. of mol.: 9 / Source method: obtained synthetically / Formula: C15H16N3O7P / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.17 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: PEG 6000 8-18%, NaCl 0.1-0.25 M, glycerol 2-3.5%, 100 mM Tricine pH 7.8 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 4, 2025 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.49→57.89 Å / Num. obs: 685702 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.49→1.53 Å / Num. unique obs: 50785 / CC1/2: 0.334 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51→37.84 Å / SU ML: 0.1778 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.7518 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 24.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→37.84 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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