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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 11if
タイトルCrystal Structure of an exported phospholipid binding protein from Bordetella pertussis in complex with Di-palmitoyl-3-sn-phosphatidylethanolamine (DPPE), P43 form 2
要素Exported protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / phospholipid binding / Bordetella pertussis
機能・相同性Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Exported protein
機能・相同性情報
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an exported phospholipid binding protein from Bordetella pertussis in complex with Di-palmitoyl-3-sn-phosphatidylethanolamine (DPPE), P43 form 2
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2026年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0913
ポリマ－21,3591
非ポリマー7322
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.144, 51.144, 71.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Exported protein


分子量: 21358.996 Da / 分子数: 1 / 断片: A27-Q207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
遺伝子: BP3761 / プラスミド: BopeA.18500.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7VSZ6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. BopeA.18500.a.B2.PW39485 at 22.8 mg/mL. Large mass of ...詳細: Morpheus A4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. BopeA.18500.a.B2.PW39485 at 22.8 mg/mL. Large mass of electron density observed in the core was modeled as a DPPE phospholipid that was acquired from the E. coli expression host. plate 20557 A1 drop 1, Puck: PSL-1503, Cryo: direct

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2026年1月31日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→41.68 Å / Num. obs: 28912 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 25.7 / Num. measured all: 359048
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Num. measured all: 7928 / Num. unique obs: 1313 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.229 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX2.0_5936精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→41.68 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 1438 4.98 %
Rwork0.1798 --
obs0.1812 28870 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→41.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1400 0 45 107 1552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.832079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.301603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.560.27931260.27432578X-RAY DIFFRACTION94
1.56-1.630.29741580.26092732X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.70.29981290.25072784X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.790.23281390.20282736X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.90.21671470.20772777X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.050.22481500.18192746X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.260.21981620.19682723X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.580.20641710.18112736X-RAY DIFFRACTION100
2.58-3.250.19341170.18452793X-RAY DIFFRACTION100
3.25-41.680.1961390.15452827X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99180.3249-0.76992.1612-0.82523.0438-0.10650.33130.1289-0.1160.13310.30390.1589-0.4310.00010.2332-0.03-0.00490.2420.03680.24377.9648-13.8143-11.5324
27.04811.2329-2.24455.9987-0.93719.7856-0.06891.4419-0.416-0.75220.4821.1611-0.3011-0.9179-0.41650.3558-0.0740.11520.4348-0.03940.5955-9.0659-22.4989-3.8925
36.44850.2582-1.77781.10370.84432.1715-0.3660.5423-0.57160.0409-0.0060.42120.2007-0.38730.27860.2333-0.0540.02390.2833-0.02450.33733.7208-26.2778-7.176
42.62791.2183-0.05543.2180.54620.7213-0.11990.006-0.51920.48640.3098-0.41940.8061.0438-0.12360.37980.1795-0.0110.348-0.01590.270820.9076-33.38161.6447
54.4744-2.36230.03513.46-0.74522.6482-0.05930.0505-0.2696-0.17640.0690.26840.3734-0.0343-0.01050.2786-0.03030.04810.2041-0.00740.2587.2396-30.59791.3567
68.59812.3349-1.96553.3583-0.35531.37280.56950.64840.81050.2722-0.198-0.0168-0.2256-0.1759-0.33640.28920.02360.09760.29770.02770.34740.8299-8.2001-3.647
73.5082-4.1154-1.77244.84411.74693.3128-0.2804-0.37731.9707-0.94230.5478-0.8149-0.56371.2005-0.40990.4321-0.0532-0.00990.3028-0.10320.857323.5167-9.2496-6.4153
85.5582-1.2443-2.20151.05260.62462.25640.11540.00630.46950.1778-0.06640.0102-0.2513-0.1647-0.00750.28560.00930.03860.247-0.03120.30437.7936-8.3251.6298
92.53760.30630.48893.4622-1.77782.71960.0096-0.14180.2112-0.0064-0.0497-0.0361-0.19660.0731-0.00520.1732-0.0144-0.02490.1733-0.00340.184916.1679-17.3173-2.3036
102.87640.924-1.09794.9449-0.11061.0594-0.1315-0.7864-0.55310.8223-0.0446-0.34811.10430.41320.15320.66020.03730.03750.32120.11510.283614.1977-34.088610.4042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 93 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 119 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 128 through 137 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 138 through 152 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 153 through 177 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 178 through 205 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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