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- PDB-11ef: Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Bru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 11ef
タイトルCrystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P21 form)
要素L-erythrulose-1-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / L-erythrulose-1-phosphate isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-erythrulose-1-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / L-erythrulose-1-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P21 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2026年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
B: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
C: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
D: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,08020
ポリマ-114,9794
非ポリマー1,10116
7,440413
1
A: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
B: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04010
ポリマ-57,4892
非ポリマー5518
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
2
C: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
D: L-erythrulose-1-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04010
ポリマ-57,4892
非ポリマー5518
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.668, 141.818, 94.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-erythrulose-1-phosphate isomerase / D-3-tetrulose-4-phosphate isomerase


分子量: 28744.627 Da / 分子数: 4 / 変異: A173D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
遺伝子: eryH, tpiA-2, BAB2_0367 / プラスミド: BrabA.00276.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2YIQ6, L-erythrulose-1-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: JCSG+ D12: 40 mM potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. plate 20694 D12 drop 1, Puck: PSL-1811, Cryo: JCSG+ D12.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2026年1月31日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.36 Å / Num. obs: 70493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 492483
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.292 / Num. measured all: 36696 / Num. unique obs: 5147 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 1.393 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(2.0_5936: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→46.61 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 3562 5.06 %
Rwork0.1794 --
obs0.1813 70417 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7592 0 60 413 8065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71110594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1562840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.180.3461460.27252625X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.210.30061480.26092647X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.240.26441200.25112695X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.280.33371530.2392650X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.320.27831570.22512639X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.360.27741430.22182687X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.40.24871220.22112644X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.440.27071420.2162677X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.490.24741350.21382738X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.550.2651510.2112620X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.610.22171410.20322693X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.670.24461410.20062653X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.750.23421400.19092689X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.830.23581410.18952643X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.920.24141480.18662694X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.020.25561350.18822659X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.140.24881550.19862682X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.290.24441290.18032712X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.460.21411490.16522627X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.680.18821460.16882692X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.960.19471250.15912705X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.360.1661520.14092658X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.990.15271460.13122721X-RAY DIFFRACTION100
4.99-6.280.1811420.16532694X-RAY DIFFRACTION100
6.28-46.610.20161550.16592711X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.834-1.68462.66133.4167-1.97381.8533-0.26690.08230.78140.04940.127-0.1094-0.17220.10660.10250.2791-0.0392-0.02660.3227-0.05370.33114.83513.980430.9722
21.19690.6944-0.2372.86960.07031.2048-0.032-0.06740.10450.0478-0.05960.0605-0.1069-0.0890.09010.22990.0104-0.00140.3143-0.0320.261516.5824-0.156638.8973
32.3167-0.4876-0.33171.8724-0.34973.93040.10230.3505-0.2179-0.16670.03430.027-0.0558-0.268-0.14730.2622-0.02410.00880.4558-0.06450.29933.5978-9.134828.8207
49.0672-3.4314.34843.8439-0.49122.61010.34890.56290.212-0.201-0.27310.33550.8499-0.6145-0.08960.29990.00250.03520.479-0.00880.4343-5.8856-8.034226.8225
51.86150.75030.74134.1137-2.57167.8847-0.00750.15170.0928-0.17930.123-0.0353-0.1932-0.1666-0.09710.25020.03140.0280.4029-0.12320.3742-0.3354-2.319831.1663
64.04942.7194-2.17863.2231-2.67082.83940.08310.13820.3025-0.07420.09050.2436-0.206-0.1972-0.17640.32530.0719-0.01610.3903-0.0370.3067-2.82344.125427.1371
79.7289-0.6491.29714.79-1.5713.26650.02960.29480.515-0.2589-0.19360.1087-0.33320.19970.170.34490.017-0.03650.36010.00060.26567.35159.589625.1127
82.3677-2.892.09914.6148-2.11812.3054-0.13310.230.8786-0.16940.0691-0.0253-0.83230.15670.04620.5452-0.0234-0.03470.42140.01520.529112.483616.939528.2163
92.2679-1.8829-0.90385.39152.36043.99440.0979-0.50020.1781-0.02370.1581-0.2174-0.00970.3737-0.22790.2501-0.04870.01620.3581-0.0120.312627.9901-23.309941.5661
109.7398-5.73971.73614.98040.06723.01950.0122-1.00390.04060.31090.26640.06150.07240.2286-0.20.3058-0.02140.01720.4278-0.04320.252231.1447-15.113250.6255
112.2997-0.49761.03691.3186-1.01252.60560.06560.06220.0076-0.0998-0.0477-0.17870.14390.2543-0.0120.21310.00610.03210.3176-0.05610.254130.5483-15.36835.6892
125.15411.5925-0.90493.16330.71422.8456-0.07110.46120.0261-0.15970.05160.29460.241-0.0920.0430.35030.01420.00190.3605-0.05730.300321.6807-20.537924.5726
131.6051.2368-0.02994.3766-0.47610.17070.0360.11170.0052-0.0607-0.00910.41470.1270.1347-0.02230.34910.03050.03160.3721-0.05190.375521.1612-33.499124.7702
140.37350.04070.76146.0058-2.25073.4343-0.06640.17940.0099-0.21820.25070.27720.093-0.2396-0.12840.2770.07280.03540.3997-0.09480.328827.4777-29.581726.2807
150.73910.335-0.47352.7647-0.23793.1645-0.0363-0.0213-0.3753-0.09530.0016-0.270.0790.18130.0190.27480.04370.02330.3455-0.0560.399729.9694-36.880630.1143
164.7491-2.4093-2.032.7513.80387.3524-0.2054-0.0929-0.29730.54980.26480.1760.56060.0892-0.06790.330.01340.01610.27850.00150.315629.3017-34.185641.3518
173.3457-2.51540.60232.599-0.04525.7901-0.0637-0.5167-0.41190.88320.3598-0.32480.8603-0.1552-0.29530.42690.0423-0.03940.44690.05440.348634.8032-32.394748.8109
180.9236-1.0571-0.77574.7-0.71731.74710.09280.1851-0.1036-0.0942-0.1166-0.01680.10590.06850.01810.2287-0.0001-0.01290.3742-0.05340.21123.887-5.647563.1668
192-0.2898-0.07341.11910.17081.9570.0250.00730.1180.0164-0.0628-0.094-0.13480.13810.03170.2059-0.0188-0.020.2948-0.00590.246422.5065-1.884575.7484
202.1547-1.70640.96883.816-2.30132.24370.0138-0.02740.16870.09650.23760.1425-0.1734-0.1784-0.28020.3118-0.0429-0.01770.30220.02080.343616.02915.816875.0948
211.3185-0.46380.16781.72040.32092.0970.03550.1610.1753-0.0779-0.0919-0.1221-0.1703-0.00160.06230.2183-0.0612-0.00680.28760.02340.281824.370911.96366.2648
224.3695-0.0174-1.19022.8855-0.05611.48860.0556-0.2735-0.50890.0437-0.0433-0.18470.13120.1349-0.00840.31270.0074-0.04230.35530.03440.315914.258-21.993686.2103
232.3359-0.21460.10862.4414-0.93472.2385-0.0258-0.0611-0.4312-0.10280.0113-0.01760.2101-0.06250.00750.2641-0.0103-0.0120.3255-0.02290.34049.2662-18.421177.1679
244.08540.80831.90645.50852.31473.3461-0.1382-0.2260.2385-0.1685-0.02780.252-0.3097-0.22350.21080.24330.01140.02850.34550.00250.27520.4549-6.187577.9907
254.4606-1.7708-2.58816.25585.10337.37290.3608-0.41750.3040.0088-0.40090.1072-0.288-0.57710.05140.2838-0.04190.00170.3892-0.03660.2944-5.2646-7.347890.1269
262.5804-0.7701-0.7943.2221.70945.65350.0524-0.2561-0.02480.2499-0.01470.15630.1216-0.1009-0.02650.2-0.04410.03130.38790.00160.3388-7.4519-11.731384.4693
273.8663-0.1270.76051.0681-0.06193.44650.1506-0.4887-0.29350.225-0.0905-0.00320.2272-0.1819-0.07680.3175-0.0720.01130.4540.04430.3361-8.5577-17.464390.6405
286.92622.082-1.61582.7746-1.29133.9630.4298-0.5651-0.39960.3201-0.3535-0.00740.1320.2264-0.08780.4165-0.04030.00410.57430.0910.35051.6144-21.336395.1195
298.9162.1419-5.61268.2584-1.83443.592-0.0018-1.121-1.06620.5958-0.0579-0.14650.0576-0.1657-0.0170.3576-0.0405-0.05890.56880.2280.51256.8438-29.208696.0377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 238 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 239 through 254 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 15 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 16 through 28 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 29 through 96 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 97 through 120 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 121 through 151 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 152 through 182 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 183 through 217 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 218 through 238 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 239 through 254 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 3 through 28 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 29 through 119 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 120 through 151 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 152 through 254 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 3 through 28 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 29 through 96 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 97 through 120 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 121 through 139 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 140 through 182 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 183 through 217 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 218 through 238 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 239 through 254 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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