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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 11ef | |||||||||
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| タイトル | Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P21 form) | |||||||||
要素 | L-erythrulose-1-phosphate isomerase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / L-erythrulose-1-phosphate isomerase | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報L-erythrulose-1-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) | |||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be publishedタイトル: Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P21 form) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 11ef.cif.gz | 398.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb11ef.ent.gz | 327 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 11ef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/1e/11ef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/1e/11ef | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
| #1: タンパク質 | 分子量: 28744.627 Da / 分子数: 4 / 変異: A173D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)遺伝子: eryH, tpiA-2, BAB2_0367 / プラスミド: BrabA.00276.a.B2 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q2YIQ6, L-erythrulose-1-phosphate isomerase |
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-非ポリマー , 5種, 429分子 








| #2: 化合物 | | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG+ D12: 40 mM potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. plate 20694 D12 drop 1, Puck: PSL-1811, Cryo: JCSG+ D12. |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2026年1月31日 |
| 放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.15→49.36 Å / Num. obs: 70493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 492483 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.292 / Num. measured all: 36696 / Num. unique obs: 5147 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 1.393 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→46.61 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.61 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について




Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
X線回折
米国, 2件
引用
PDBj


