PDB-10wy: Rhodococcus hoagii DnaA DI in the P4(3)2(1)2 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 10wy

タイトル

Rhodococcus hoagii DnaA DI in the P4(3)2(1)2 space group

要素

Chromosomal replication initiator protein DnaA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Initiator

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / lipid binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Prescottella equi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ellis, P.K. / Schumacher, M.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures reveal DnaA domain I dimer conserved across Actinomycetes: implications for replication initiation
著者: Ellis, P.K. / Schumacher, M.A.

履歴

登録	2026年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb10wy.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0w/10wy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0w/10wy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	10wzC 10xaC 10xbC 10xcC 10xdC 10xeC 10xfC 10xgC 10xhC 10xkC 10xlC 10xoC 10xpC 10yoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Chromosomal replication initiator protein DnaA

B: Chromosomal replication initiator protein DnaA

ヘテロ分子

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chromosomal replication initiator protein DnaA

ヘテロ分子

A: Chromosomal replication initiator protein DnaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, gel filtration
28.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.646, 60.646, 132.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Chromosomal replication initiator protein DnaA 分子量: 14299.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Prescottella equi (バクテリア) 遺伝子: dnaA, A5N68_15520, GS453_12660, GS505_04630, GS551_08815, GS882_16585, GS947_16945 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9Q2ULC7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.2 M Ammonium Sulfate, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.33.

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→44.73 Å / Num. obs: 33536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1608 / CC_1/2: 0.921 / R_pim(I) all: 0.188 / R_rim(I) all: 0.496 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→44.73 Å / SU ML: 0.1594 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.8847
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1673	5 %
R_work	0.1745	31785	-
obs	0.1757	33458	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1358	0	10	144	1512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	1431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7306	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0443	231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0104	254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.2096	544

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.65	0.2385	136	0.2419	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.65-1.7	0.2183	135	0.2027	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.7-1.76	0.2175	137	0.1926	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.83	0.2172	138	0.192	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.91	0.2932	136	0.2302	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.91-2.02	0.2285	138	0.1914	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.14	0.1851	139	0.1691	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.31	0.1856	139	0.17	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.31-2.54	0.1692	138	0.1675	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.91	0.1958	142	0.1716	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.91-3.66	0.2185	143	0.1719	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.66-44.73	0.1804	152	0.1654	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.19646517445	-0.777876325738	1.20167364738	1.51427163537	0.318945295688	2.24156060364	0.0386962476597	-0.225051423436	-0.102062782052	0.0700716084244	0.0836604878461	-0.197490871662	0.0463373924916	0.480592986269	-0.0240921390329	0.255759218005	0.0132127508183	-0.0911911921336	0.269289273826	-0.0185923452855	0.280685746065	0.646178162063	-24.040265092	-4.66015260377
2	6.66235161801	-5.3810016499	-7.12097782428	5.22982553249	6.93094739684	9.53602913322	0.0584627230825	-1.01775149348	0.118907475478	0.460055257857	0.489837162258	-0.833278585913	0.0653037723735	0.52231932195	-0.576827702455	0.339858165413	0.0515933136394	-0.0569129912929	0.375716978697	-0.0304473823545	0.311040229719	-13.049295402	-19.2101300903	4.5779565061
3	7.21482184243	-5.15962510403	-3.03966041626	6.20830261016	5.18122363828	4.94246804096	-0.0509547988645	-0.161751015965	-0.179480203656	0.148215548387	0.157452285737	-0.0829329106596	0.474995720887	-0.0106963999063	-0.0662926712627	0.335815300912	-0.0492249533885	-0.0296774797509	0.171583514849	-0.00194978273557	0.232716551336	-12.9375620313	-27.7463532965	-5.57204398959
4	7.02814592884	3.26248846418	-4.54453506749	3.73708648905	-3.74782920674	4.4219402314	-0.143219182219	-0.0236627254038	-0.520417296103	-0.217076858751	-0.089431584586	-0.566904958104	0.680265277229	0.500894115629	0.327052797523	0.18742172834	0.0392388931934	-0.0291634967272	0.270009874115	-0.00658628362646	0.344826622083	0.339401693341	-24.478540429	-14.6579747319
5	6.64798548816	3.61953445001	-0.21026315185	7.79323914767	-0.678293490468	3.96323536935	-0.0265884344504	-0.0134114948826	-0.149246497736	-0.0207873069274	0.0329298705317	0.203283674994	0.0435837992001	-0.155195185452	0.00287561982799	0.187390602809	0.0131336596709	-0.0567648428947	0.14334175113	-0.000390460664901	0.169904480472	-10.1576375154	-21.1316927763	-14.6077775014
6	2.86837439903	-0.124942727245	4.2766665039	3.55370060436	-2.05740402631	8.73069682934	-0.0964818797423	-0.354651194104	0.327317850035	0.395985732069	-0.0382229388836	-0.346576032795	-0.466196809298	0.18175397991	0.152595676243	0.262296536067	-0.00771643331708	-0.0589366881061	0.207688330737	-0.0527971936261	0.255180871213	-2.88949997873	-14.6210657032	-5.26737039393
7	6.35888293596	6.12604865899	5.56251418657	6.17011299592	5.31493401815	5.95899578855	0.0903973753779	0.469448271745	-0.385231399903	0.26337559847	0.290261887956	-0.989007886792	0.238226097095	0.643548148191	-0.279701412833	0.309920056402	-0.00209019454942	-0.0702746886418	0.25172664951	-0.00503883371055	0.363725697719	-2.86622007064	-17.8145426699	-14.9875722443
8	2.89527507603	-2.73062353652	4.6551581209	8.6883454777	-2.3461337011	9.33028890374	-0.404258977328	0.5158469104	0.946928225854	-0.777024979038	0.140536433157	-0.437692433776	-0.713972088485	0.644966808643	0.215159769155	0.455456031463	-0.067397889508	0.0394422616803	0.245434693553	-0.0167185451103	0.249981668823	-7.23947489242	-10.285647759	-35.6165565039
9	6.57065633138	-1.55333773769	-6.92939236897	7.20165795678	-4.10149110683	1.99861676919	-0.766401040397	3.36854225073	-1.5461907081	-2.17390503291	-1.29308700035	1.3022763557	2.62161512746	-0.613209687815	1.22788352077	0.826778099863	0.131920044	-0.191614456707	0.934121534478	-0.219142321722	0.730958051671	-21.9666714493	-12.9881449518	-37.1040748883
10	9.64230170765	-4.41925983879	0.896420900557	5.74654277618	-0.549063371144	4.08317103246	-0.086041675672	0.30974331631	0.011075843619	-0.295613600407	0.0744739310046	-0.0270422718688	-0.315860208554	0.282335138319	0.0591971545789	0.305707387469	-0.0140770877443	-0.0075800579975	0.153525429091	-0.0288168962574	0.23165193165	-11.1788604884	-8.00765023434	-27.5355736213
11	7.85682529925	-2.53010517776	-2.23091437576	7.74057858418	2.75478376066	6.43488997529	-0.046294882353	0.034616646153	0.0283643884291	0.244767872986	0.0649831410936	0.288616161286	-0.0194512861584	-0.0660450156525	-0.0213257905195	0.209101529281	-0.000533909575071	-0.0432875227293	0.0986829186076	0.0198331357305	0.10455949758	-11.1792328282	-11.8799498236	-21.0647048114
12	2.59018401093	-2.83213663462	-2.33830299803	6.7848210295	3.207017812	5.03140947539	-0.0549744945812	0.150681379243	-0.148515052468	-0.229327195164	0.0525643204001	-0.0710698697636	0.148039650513	0.00674618687218	-0.0122324392553	0.239399590072	-0.0170864741379	0.00954811014069	0.162572827154	-0.00978336563744	0.2029305872	-8.39117537535	-18.0691878368	-28.9352841582

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 20 )	A	A	5 - 20	2 - 17
2	2	chain 'A' and (resid 21 through 30 )	A	A	21 - 30	18 - 27
3	3	chain 'A' and (resid 31 through 39 )	A	A	31 - 39	28 - 36
4	4	chain 'A' and (resid 40 through 46 )	A	A	40 - 46	37 - 43
5	5	chain 'A' and (resid 47 through 67 )	A	A	47 - 67	44 - 64
6	6	chain 'A' and (resid 68 through 79 )	A	A	68 - 79	65 - 76
7	7	chain 'A' and (resid 80 through 91 )	A	A	80 - 91	77 - 88
8	8	chain 'B' and (resid 6 through 20 )	B	B	6 - 20	4 - 18
9	9	chain 'B' and (resid 21 through 30 )	B	B	21 - 30	19 - 28
10	10	chain 'B' and (resid 31 through 46 )	B	B	31 - 46	29 - 44
11	11	chain 'B' and (resid 47 through 67 )	B	B	47 - 67	45 - 65
12	12	chain 'B' and (resid 68 through 91 )	B	B	68 - 91	66 - 89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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