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Yorodumi- PDB-10uh: Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 10uh | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with CoA | |||||||||
Components | Formyl-coenzyme a transferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Formyl-coenzyme A transferase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationTransferases; Transferring sulfur-containing groups; CoA-transferases / CoA-transferase activity Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Brucella melitensis 16M1W (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with CoA Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 10uh.cif.gz | 486.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb10uh.ent.gz | 400.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 10uh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0u/10uh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0u/10uh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 44101.301 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella melitensis 16M1W (bacteria) / Gene: BMEII0224 / Plasmid: BrmeA.18114.b.B2 / Production host: ![]() References: UniProt: Q8YDF2, Transferases; Transferring sulfur-containing groups; CoA-transferases |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 716 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.57 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Index G7: 0.20M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 3350. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Cocrystallization with 2mM CoA. plate 19820 G7 drop 2, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% ...Details: Index G7: 0.20M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 3350. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Cocrystallization with 2mM CoA. plate 19820 G7 drop 2, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 5, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.85→48.68 Å / Num. obs: 151962 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 1.43 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 2034117 |
| Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.726 / Num. measured all: 156594 / Num. unique obs: 11162 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.791 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→48.68 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.32 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→48.68 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Brucella melitensis 16M1W (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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