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Yorodumi- PDB-10sw: Crystal structure of Guanylate Kinase from Burkholderia thailande... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 10sw | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Guanylate Kinase from Burkholderia thailandensis in complex with GDP | |||||||||
Components | Guanylate kinase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Guanylate Kinase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Burkholderia thailandensis E264 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.96 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of Guanylate Kinase from Burkholderia thailandensis in complex with GDP Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 10sw.cif.gz | 660.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb10sw.ent.gz | 553.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 10sw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0s/10sw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0s/10sw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 24204.328 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: v18-224P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia thailandensis E264 (bacteria)Gene: gmk, BTH_I1586 / Plasmid: ButhA.01463.a.B2 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GDP / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.47 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 1.6M Sodium Formate, 0.1M Acetate/acidic acid, pH 4.6. ButhA.01463.a.A1.PB00147 at 21.6 mg/mL. Cocrystallization with 2 mM GDP. plate Liu-S197 H1, Puck: PSL-1813, Cryo: 4.0M Sodium Formate, ...Details: 1.6M Sodium Formate, 0.1M Acetate/acidic acid, pH 4.6. ButhA.01463.a.A1.PB00147 at 21.6 mg/mL. Cocrystallization with 2 mM GDP. plate Liu-S197 H1, Puck: PSL-1813, Cryo: 4.0M Sodium Formate, 0.1M Acetate/acidic acid, pH 4.6 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.96→47.77 Å / Num. obs: 47978 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 325948 |
| Reflection shell | Resolution: 2.96→3.04 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.342 / Num. measured all: 24084 / Num. unique obs: 3547 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.555 / Rrim(I) all: 1.454 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.96→47.05 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.76 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.96→47.05 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Burkholderia thailandensis E264 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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