PDB-10qg: Crystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 10qg

タイトル

Crystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) bound to Neu5Ac2en (DANA)

要素

exo-alpha-sialidase

キーワード

HYDROLASE / sialidase / neuraminidase / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / cell envelope / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Treponema denticola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.549 Å

データ登録者

Clark, N.D. / Malkowski, M.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2026
タイトル: Bacterial exo-alpha-sialidases subvert the complement system through desialylation.
著者: Kurniyati, K. / Clark, N.D. / Fu, Q. / Zhang, S. / Qiu, W. / Malkowski, M.G. / Li, C.

履歴

登録	2026年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	10qg.cif.gz	308.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb10qg.ent.gz	190.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	10qg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0q/10qg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0q/10qg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	10qfC 10qhC 10qiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#113 - 2009年5月
インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase)
類似性 (3)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: exo-alpha-sialidase

ヘテロ分子

62.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.811, 65.547, 91.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.148, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1109- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質	exo-alpha-sialidase 分子量: 58788.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア) 遺伝子: TDE_0471 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: Q73QH2, exo-alpha-sialidase
#2: 糖	ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 585分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	... ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.8, 20 mM Cadmium chloride, 25% PEG400, soak in mother liquor with 25 mM DANA for 20 min

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.549→59.314 Å / Num. obs: 104014 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 9.5 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 4956 / CC_1/2: 0.943 / CC star: 0.985 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Coot		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
PHASER	2.3.8	位相決定
Aimless	0.7.9	データスケーリング
xia2	3.8.0	データ削減
DIALS	3.8.0	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.549→59.314 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.481 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.153	5239	5.037 %	Random
R_work	0.1378	98767	-	-
all	0.139	-	-	-
obs	-	104006	96.852 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.307 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	0.854 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.463 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.549→59.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3918	0	97	555	4570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.658	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.579	1.585	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.588	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.71	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.54	10	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	2.029	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.096	10	213
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.155	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.364	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.069	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.933	0.974	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.923	0.974	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.383	1.752	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.383	1.753	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.094	1.171	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.093	1.171	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.526	2.024	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.526	2.023	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.657	10.776	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.424	10.118	4841

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.549-1.589	0.202	356	0.17	7147	0.171	7895	0.976	0.983	95.0348	0.161
1.589-1.633	0.187	421	0.159	7026	0.16	7706	0.98	0.985	96.639	0.15
1.633-1.68	0.158	329	0.147	6906	0.148	7475	0.984	0.987	96.7893	0.14
1.68-1.732	0.168	323	0.142	6739	0.143	7301	0.984	0.988	96.7265	0.135
1.732-1.789	0.162	361	0.134	6453	0.136	7034	0.984	0.989	96.8723	0.129
1.789-1.851	0.141	318	0.13	6249	0.131	6809	0.988	0.99	96.4459	0.127
1.851-1.921	0.144	324	0.132	5793	0.133	6626	0.988	0.989	92.3181	0.131
1.921-1.999	0.142	323	0.13	5876	0.13	6339	0.987	0.99	97.7915	0.13
1.999-2.088	0.148	327	0.131	5626	0.132	6079	0.987	0.99	97.9273	0.132
2.088-2.19	0.17	260	0.136	5470	0.138	5839	0.984	0.99	98.1332	0.14
2.19-2.308	0.135	267	0.124	5167	0.124	5529	0.989	0.991	98.2818	0.129
2.308-2.448	0.131	244	0.12	4923	0.12	5257	0.989	0.991	98.288	0.127
2.448-2.617	0.158	286	0.124	4424	0.126	4964	0.985	0.99	94.8832	0.134
2.617-2.826	0.148	221	0.123	4178	0.124	4576	0.987	0.991	96.132	0.135
2.826-3.095	0.138	205	0.134	4019	0.134	4254	0.987	0.989	99.2948	0.151
3.095-3.459	0.139	169	0.141	3664	0.141	3856	0.989	0.989	99.4035	0.161
3.459-3.992	0.147	194	0.145	3159	0.145	3386	0.988	0.988	99.0254	0.169
3.992-4.884	0.153	135	0.127	2689	0.128	2910	0.988	0.992	97.0447	0.156
4.884-6.883	0.179	114	0.173	2024	0.174	2251	0.988	0.989	94.98	0.203
6.883-59.314	0.183	62	0.206	1235	0.205	1299	0.982	0.971	99.846	0.244

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -19.7134 Å / Origin y: 33.3232 Å / Origin z: 15.2211 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0121 Å²	0.0077 Å²	0.0051 Å²	-	0.0204 Å²	0.0023 Å²	-	-	0.0028 Å²
L	0.454 °²	0.0146 °²	0.1016 °²	-	0.4115 °²	0.0904 °²	-	-	0.698 °²
S	-0.0229 Å °	-0.0943 Å °	-0.0057 Å °	0.0621 Å °	0.0117 Å °	0.0329 Å °	-0.0217 Å °	-0.0323 Å °	0.0111 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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