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万見
- PDB-10le: X-ray structure of the Bacteroides fragilis Nramp/MntH divalent t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 10le
タイトルX-ray structure of the Bacteroides fragilis Nramp/MntH divalent transition metal transporter WT in an inward-open, manganese-bound state
要素Divalent metal cation transporter
キーワードMETAL TRANSPORT / Membrane Protein / Divalent metal transporter / Manganese Homeostasis / Iron Homeostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Divalent metal cation transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ray, S. / Gaudet, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120996 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the Bacteroides fragilis Nramp/MntH divalent transition metal transporter WT in an inward-open, manganese-bound state
著者: Ray, S. / Gaudet, R.
履歴
登録2026年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter
B: Divalent metal cation transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,43063
ポリマ－90,7852
非ポリマー20,64561
水1,874104
1
A: Divalent metal cation transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,89332
ポリマ－45,3921
非ポリマー10,50131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Divalent metal cation transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,53731
ポリマ－45,3921
非ポリマー10,14430
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.853, 101.910, 118.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter / Metal ion (Mn2+/Fe2+) transporter (Nramp) family metal ion transporter / Nramp family divalent ...Metal ion (Mn2+/Fe2+) transporter (Nramp) family metal ion transporter / Nramp family divalent metal transporter


分子量: 45392.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: mntH, AC094_25680, BFGS077_004043, CQW34_02524, F2Z25_12705, F2Z29_10780, F2Z89_12735, F3B44_13840, FSA03_20375, FSA06_19765, FSA08_20470, NXW39_15865, NXX45_17380, O1420_13150
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K6BUR1
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.02 M sodium chloride, 0.02 M sodium acetate pH 4.0, 33% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.84 Å / Num. obs: 33378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.78 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 33378 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.455 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX2.0_5936精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.84 Å / SU ML: 0.3488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.4527
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1999 5.99 %
Rwork0.2379 31379 -
obs0.2402 33378 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5574 0 806 104 6484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00176435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4238475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0367997
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.60822543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.40581420.36012225X-RAY DIFFRACTION99.41
2.46-2.530.37191380.3232179X-RAY DIFFRACTION99.61
2.53-2.60.34431420.30512211X-RAY DIFFRACTION99.7
2.6-2.680.36881400.29422207X-RAY DIFFRACTION99.91
2.68-2.780.32481410.28452213X-RAY DIFFRACTION99.92
2.78-2.890.3111420.26662225X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.020.31271410.26412220X-RAY DIFFRACTION99.87
3.02-3.180.28651420.25952230X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.380.26391410.23722223X-RAY DIFFRACTION99.96
3.38-3.640.24491450.21782274X-RAY DIFFRACTION99.88
3.64-4.010.24321420.19772213X-RAY DIFFRACTION99.7
4.01-4.590.22371460.18622283X-RAY DIFFRACTION99.84
4.59-5.780.23561450.21062289X-RAY DIFFRACTION99.88
5.78-46.840.24431520.21262387X-RAY DIFFRACTION98.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29652502838686-0.24495648195790.295290196823561.69941017168240.273141348050484.52102737177270.0308485292947540.0573514060078410.03256-0.174871809931990.034607853937023-0.10918-0.0924255395153160.211300672758460.0570920.184989596984960.04865386481328-0.193120362482140.300991984578050.0558770486370890.35724239855722-0.021-7.4627.153
20.7534724271599-0.178982648122710.519348233739782.20467444717630.197075071646670.96889991429240.085218355725890.121620452271140.0696543-0.20929972441111-0.050078343814415-0.09413-0.116687182158290.174388468908550.0060380.28928518215611-0.014911032546445-0.118319053452130.337044745115350.00461527910274220.409537474024981.6790.64133.575
30.38599863424269-1.0369307830315-0.140299375033452.77437297311710.452782966878810.26368630271320.1326802234190.12024424282774-0.066225-0.32951521438475-0.131765346318750.2050150.136282204232310.00272359497352820.00897530.32051201341798-0.014673988160161-0.204085706082450.37333595175447-0.00723899390127880.43757232345414-9.486-7.25124.572
40.179962529677810.018202374774579-0.888315694372470.41765480945892-0.518418407480234.7542192191092-0.0425783567676340.085487808665739-0.01422-0.089879995892007-0.10877849196040.072430.23673909501632-0.337809267183060.0647340.32867063891561-0.021470627711865-0.192662278902250.303788044224940.0528021244491990.32881838249165-34.05322.4927.22
50.37116174438001-0.057801381938254-0.295099450395190.63421958075146-0.238928385260271.1396548303096-0.00218558066131710.093124177669424-0-0.081125681326791-0.0346083506293270.077213-0.025889851976543-0.1583198309647-0.0240.26960235598011-0.0080404434659779-0.218695444503580.279294189285130.0241357618545330.32424058302284-35.8615.8133.122
60.360925397154690.15981351709595-0.120015790223920.77992033799165-0.748358167140440.8674932296731-0.078123946889384-0.048433350097310.000517-0.11556077211544-0.024076301643778-0.0150.0807694473068440.093201057126396-0.09971310.276421074183550.048481120546659-0.290409526241380.2252452401176-0.0338263198917310.26231739305368-28.63217.55527.975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 29:94 )A29 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 95:322 )A95 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 323:417 )A323 - 417
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 30:94 )B30 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 95:276 )B95 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 277:417 )B277 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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