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Yorodumi- PDB-10ke: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 10ke | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine (cocrystallization) | |||||||||
Components | Capsular polysaccharide biosynthesis protein | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
| Function / homology | : / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Bordetella pertussis Tohama I (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine (cocrystallization) Authors: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 10ke.cif.gz | 559.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb10ke.ent.gz | 460.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 10ke.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0k/10ke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0k/10ke | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38320.996 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 9-348 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis Tohama I (bacteria)Gene: wbpP, tviC, vipB, BP1630, BP3149 / Plasmid: BopeA.00085.a.B2 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Chemical | ChemComp-UD2 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.02 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Berkeley B3: 30%(v/v) PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 6.5, 30 mM NaNO3, 400 mM NaCl. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo protein but NAD and UD2 ligands bound from the ...Details: Berkeley B3: 30%(v/v) PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 6.5, 30 mM NaNO3, 400 mM NaCl. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo protein but NAD and UD2 ligands bound from the expression host. plate 19876 well C1 drop 1, Puck: PSL-1304, Cryo: direct |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→45.4 Å / Num. obs: 140923 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 975749 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / Num. measured all: 49317 / Num. unique obs: 6957 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 1.027 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→44.25 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.78 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→44.25 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bordetella pertussis Tohama I (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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