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Yorodumi- PDB-10bm: Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase fro... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 10bm | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP, ADP and sulfate complex) | |||||||||
Components | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase | |||||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / TRANSFERASE / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology information5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Paraburkholderia xenovorans LB400 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP, ADP and sulfate complex) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 10bm.cif.gz | 586 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb10bm.ent.gz | 483.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 10bm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0b/10bm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0b/10bm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 42509.523 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 9-397 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia xenovorans LB400 (bacteria)Gene: purK, Bxe_A0694 / Plasmid: BuxeA.00036.a.B2 / Production host: ![]() References: UniProt: Q13UJ9, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 100 molecules 












| #2: Chemical | | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ADP / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.42 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Berkeley H5: 100 mM MgCl2, 100 mM Li2SO4, 25% PEG 400. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP but hydrolyzed AMP and ADP were observed. plate 20560 A12 drop ...Details: Berkeley H5: 100 mM MgCl2, 100 mM Li2SO4, 25% PEG 400. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP but hydrolyzed AMP and ADP were observed. plate 20560 A12 drop 1, Puck: PSL-1103, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.49→50.07 Å / Num. obs: 68380 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.32 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 912499 |
| Reflection shell | Resolution: 2.49→2.55 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.855 / Num. measured all: 67436 / Num. unique obs: 4993 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.521 / Rrim(I) all: 1.928 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49→50.07 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.86 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.49→50.07 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
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Paraburkholderia xenovorans LB400 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation
PDBj












