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万見
- EMDB-9904: Cryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii PSII-LHCII supercomplex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9904
タイトルCryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii PSII-LHCII supercomplex at 5.8A resolution
マップデータCryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii photosystem II light harvesting complex II (PSII-LHCII) complex with six LHCII trimers at 5.8A resolution.
試料
  • 複合体: Supercomplex of photosystem II with six LHC trimers
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Burton-Smith RN / Song C / Murata K
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06553 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: Structural determination of the large photosystem II-light-harvesting complex II supercomplex of using nonionic amphipol.
著者: Raymond N Burton-Smith / Akimasa Watanabe / Ryutaro Tokutsu / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Jun Minagawa /
要旨: In photosynthetic organisms, photosystem II (PSII) is a large membrane protein complex, consisting of a pair of core complexes surrounded by an array of variable numbers of light-harvesting complex ...In photosynthetic organisms, photosystem II (PSII) is a large membrane protein complex, consisting of a pair of core complexes surrounded by an array of variable numbers of light-harvesting complex (LHC) II proteins. Previously reported structures of the PSII-LHCII supercomplex of the green alga exhibit significant structural heterogeneity, but recently improved purification methods employing ionic amphipol A8-35 have enhanced supercomplex stability, providing opportunities for determining a more intact structure. Herein, we present a 5.8 Å cryo-EM map of the PSII-LHCII supercomplex containing six LHCII trimers (CSML). Utilizing a newly developed nonionic amphipol-based purification and stabilizing method, we purified the largest photosynthetic supercomplex to the highest percentage of the intact configuration reported to date. We found that the interprotein distances within the light-harvesting complex array in the green algal photosystem are larger than those previously observed in higher plants, indicating that the potential route of energy transfer in the PSII-LHCII supercomplex in green algae may be altered. Interestingly, we also observed an asymmetric PSII-LHCII supercomplex structure comprising CSML in the same sample. Moreover, we found a new density adjacent to the PSII core complex, attributable to a single-transmembrane helix. It was previously unreported in the cryo-EM maps of PSII-LHCII supercomplexes from land plants.
履歴
登録2019年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年8月28日-
更新2020年3月11日-
現状2020年3月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9904.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii photosystem II light harvesting complex II (PSII-LHCII) complex with six LHCII trimers at 5.8A resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.992 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.6 / ムービー #1: 4.6
最小 - 最大-9.278966 - 26.997116
平均 (標準偏差)0.015916284 (±0.9134852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 557.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.9921.9921.992
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z557.760557.760557.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-9.27926.9970.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Supercomplex of photosystem II with six LHC trimers

全体名称: Supercomplex of photosystem II with six LHC trimers
要素
  • 複合体: Supercomplex of photosystem II with six LHC trimers

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超分子 #1: Supercomplex of photosystem II with six LHC trimers

超分子名称: Supercomplex of photosystem II with six LHC trimers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: 137c
分子量理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0 beta) / 使用した粒子像数: 14668
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0 beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0 beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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