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- EMDB-9839: Structure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoce... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9839
タイトルStructure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoceros gracilis at 3.02 angstrom resolution
マップデータPSII-FCP
試料
  • 複合体: PSII-FCP supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 18種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily ...PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein in photosystem II / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Pi X / Zhao S / Wang W / Kuang T / Sui S / Shen J
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: The pigment-protein network of a diatom photosystem II-light-harvesting antenna supercomplex.
著者: Xiong Pi / Songhao Zhao / Wenda Wang / Desheng Liu / Caizhe Xu / Guangye Han / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light ...Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light intensity. We report a cryo-electron microscopy structure of the photosystem II (PSII)-fucoxanthin (Fx) chlorophyll (Chl) a/c binding protein (FCPII) supercomplex from the centric diatom The supercomplex comprises two protomers, each with two tetrameric and three monomeric FCPIIs around a PSII core that contains five extrinsic oxygen-evolving proteins at the lumenal surface. The structure reveals the arrangement of a huge pigment network that contributes to efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation processes in the diatoms.
履歴
登録2019年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年7月31日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6jlu
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9839.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSII-FCP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 340 pix.
= 444.224 Å		1.31 Å/pix.
x 340 pix.
= 444.224 Å		1.31 Å/pix.
x 340 pix.
= 444.224 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.057114918 - 0.12278585
平均 (標準偏差)0.000024796067 (±0.00480418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 444.2236 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.30654117647061.30654117647061.3065411764706
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.224444.224444.224
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0570.1230.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSII-FCP supercomplex

全体名称: PSII-FCP supercomplex
要素
  • 複合体: PSII-FCP supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: PsbA
    • タンパク質・ペプチド: PsbB
    • タンパク質・ペプチド: PsbC
    • タンパク質・ペプチド: PsbD
    • タンパク質・ペプチド: PsbE
    • タンパク質・ペプチド: PsbF
    • タンパク質・ペプチド: Psb31
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: PsbI
    • タンパク質・ペプチド: PsbJ
    • タンパク質・ペプチド: PsbK
    • タンパク質・ペプチド: PsbL
    • タンパク質・ペプチド: PsbM
    • タンパク質・ペプチド: Psb34
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: FCP-D
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: PsbG
    • タンパク質・ペプチド: PsbT
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: PsbW
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: PsbY
    • タンパク質・ペプチド: PsbZ
    • タンパク質・ペプチド: FCP-E
    • タンパク質・ペプチド: FCP-A
    • タンパク質・ペプチド: FCP-F
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PSII-FCP supercomplex

超分子名称: PSII-FCP supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)

+
分子 #1: PsbA

分子名称: PsbA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 39.575062 KDa
配列文字列: MTATLERREG VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GMHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF ...文字列:
MTATLERREG VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GMHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH MAGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESTNYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLAL WPVVGIWITA MGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI LNRANL GIEVMHERNA HNFPLDLASG DVLPVALTAP AVN

+
分子 #2: PsbB

分子名称: PsbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 56.475301 KDa
配列文字列: MALPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG ITDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALS HIILSGMCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV ...文字列:
MALPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG ITDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALS HIILSGMCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPAWGAD GFNPFNPGGI AAHHIAAGIF GIFAGIFHLT VRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SISAVFF AAFVTSGTMW YGAAATPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERQ VETSVSEGLS ESQAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGPMNKGDGI AEAWLGHPIF RDKEGRELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTVD FYGGK LNGQTFKDAP TVKKFARKAQ LGEVFEFDRT SLESDGVFRS SPRGWYTYGH ANFALLFFFG HLWHGGRTIF RDVFT GIGA EVTEQVEFGA FQKLGDKSTK KQGAV

+
分子 #3: PsbC

分子名称: PsbC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 49.357348 KDa
配列文字列: IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQHL ATLGYGIGPG GEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL GIHLCLLGLG SFLLVIKAMY L GGVYDTWA ...文字列:
IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQHL ATLGYGIGPG GEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL GIHLCLLGLG SFLLVIKAMY L GGVYDTWA PGGGDVRYIT TPTLNPIVIF GYVFRSPFGG DGWVVSVNNM EDVIGGHIWV GILCIVGGIW HIFTKPFAWA RR AFVWSGE AYLSYSLAAI SLMGFTAALY SWYNNTAYPS ELYGPTGPEA SQAQAFTFLV RDQRLGANVS SAQGPTGLGK YLM RSPSGE IIFGGETMRF WDLRAPWVEP LRGPNGLDIN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVATEINSVN YVSP RSWLC CSHFFLAFFF LVGHWWHAGR ARAAAAGFEK GIDRDFEPVL SMTPL

+
分子 #4: PsbD

分子名称: PsbD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 37.983301 KDa
配列文字列: RGLFDLVDDW LKKDRFVFVG WSGLLLFPTA YLAAGGWMTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSVGHSLLL LWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFVALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY PLGQASWFFA P SFGVAAIF ...文字列:
RGLFDLVDDW LKKDRFVFVG WSGLLLFPTA YLAAGGWMTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSVGHSLLL LWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFVALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY PLGQASWFFA P SFGVAAIF RFLLFLQGFH NWTLNPFHMM GVAGILGGAL LCAIHGATVE NTLFEDGDAA NTFRAFTPTQ SEETYSMVTA NR FWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWTSSIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN HLLDEGIRAW MAA QDQPHE NFVFPEEVLP RGNAL

+
分子 #5: PsbE

分子名称: PsbE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 9.062132 KDa
配列文字列:
STGERPFSDI ITSVRYWIIH SITIPSLFVS GWLFISTGLA YDVFGTPRPN EYFTQDRQQV PLVNDRFSAK QELEDLTKG

+
分子 #6: PsbF

分子名称: PsbF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.652377 KDa
配列文字列:
PIFTFRWLAV HGLAIPTVFF LGGITAMQFI QR

+
分子 #7: Psb31

分子名称: Psb31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.733262 KDa
配列文字列:
MKLSIAALLV TSVAAFAPST VERTSTALNM DRRSAFAQIA TAGAVLAGIP SIASADGSVS AATINRARGL YGDRIAALKD AVAAGDFKA IAEEKNAFIL FNSGAYPTNK AKKNAAIAQT NEIFKAIRSG DKAAVKSAYD AYMAANDIRP LPEINANIGQ G YSSDFDFR VRTKAGAIYV R

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 7.188501 KDa
配列文字列:
ALRTRLGEIL RPLNAEYGKV APGWGTTPIM GIVMLAFLIF LVIILQIYNS SLIIENVDVD WANGI

+
分子 #9: PsbI

分子名称: PsbI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.940673 KDa
配列文字列:
MLTLKILVYT TVIFFVSLFI FGFLSSDPSR NPNR

+
分子 #10: PsbJ

分子名称: PsbJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.487078 KDa
配列文字列:
GRVPLWLVGL VGGFAVITIV SLFIYGSYSG LGSS

+
分子 #11: PsbK

分子名称: PsbK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.225085 KDa
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDVMPVIP VLFFLLAFVW QAAVSFR

+
分子 #12: PsbL

分子名称: PsbL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.367076 KDa
配列文字列:
MTGPNPNKQA VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

+
分子 #13: PsbM

分子名称: PsbM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.358022 KDa
配列文字列:
EVQFGAYLAV LLGTFLPALF LVNLFIQTEA RKAGKAGGQD S

+
分子 #14: Psb34

分子名称: Psb34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #15: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 26.820375 KDa
配列文字列: ALTKSQINEL SYLQVKGTGL ANRCAEVVGE DSIKPKPGAK LVDMCIEPKA WAVEEEVGKA GKTEKKFVNS KVMTRQTYTL DAIEGPITV DGGKITFSEK EGIDYAATTV QLPGGERVPF LFTVKDLVAK GNGDTFKPGF QMGGDFNTPS YRTGLFLDPK G RGGTTGYD ...文字列:
ALTKSQINEL SYLQVKGTGL ANRCAEVVGE DSIKPKPGAK LVDMCIEPKA WAVEEEVGKA GKTEKKFVNS KVMTRQTYTL DAIEGPITV DGGKITFSEK EGIDYAATTV QLPGGERVPF LFTVKDLVAK GNGDTFKPGF QMGGDFNTPS YRTGLFLDPK G RGGTTGYD MAVALPALQL GEEGDAELFG ENNKVFDITQ GRIEMEVNKV NAEDSEIGGV FVATQLSDTD MGSKTPKKVL TK GIFYAKV EQ

+
分子 #16: FCP-D

分子名称: FCP-D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 24.667848 KDa
配列文字列: PSADAWANSV ESKALPFARA PATLDGTMLG DFGFDPLGFS TVPVGPWFTG IQGRNGEIGN LKWYREAELI HGRIAQVAVV GFIAPGLFG TLPGNEWTGV DAYSNLNPLE AFSQVPGLAI LQIFLFMSYL EIRRINIIKE EGENYMPGDL RIGQGEGRWN P FGLDYSPE ...文字列:
PSADAWANSV ESKALPFARA PATLDGTMLG DFGFDPLGFS TVPVGPWFTG IQGRNGEIGN LKWYREAELI HGRIAQVAVV GFIAPGLFG TLPGNEWTGV DAYSNLNPLE AFSQVPGLAI LQIFLFMSYL EIRRINIIKE EGENYMPGDL RIGQGEGRWN P FGLDYSPE AYEEKRLQEL KHCRLAMIGV FGLWAQAQAS GVGVTEQIGA ALTTPDYYAK AGYFLPEG

+
分子 #17: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.585391 KDa
配列文字列: MKSAICFVAL AASASAFAPE ANNARVATSV NAEARREVFG KIAAAGAAFL PVAANAAVGE SPRFSVFGLI GDGTSYSEGA AYGTDQADK LYSPYSVYSP EGEKSLYKPD SAEYLARKKA VLAETKNRLQ KIPGYVDKKE WFNVKDELTR YMYETRGAVR S LSSSVTQK ...文字列:
MKSAICFVAL AASASAFAPE ANNARVATSV NAEARREVFG KIAAAGAAFL PVAANAAVGE SPRFSVFGLI GDGTSYSEGA AYGTDQADK LYSPYSVYSP EGEKSLYKPD SAEYLARKKA VLAETKNRLQ KIPGYVDKKE WFNVKDELTR YMYETRGAVR S LSSSVTQK EKAEVFFRAL EDTYGAATLK KGDAVKASND KAIAALDAFT ATL

+
分子 #18: PsbG

分子名称: PsbG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 6.230672 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #19: PsbT

分子名称: PsbT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.711547 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLMVIFFA VFFRETPRIL R

+
分子 #20: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 10.167527 KDa
配列文字列:
VIDYENIGYL GGSSIVDINN ANIRAYLKMP GMYPTVAGKI VSHGPYSGVS DLYKIPGLSS AEADVIKKYE SRLTAKTPSP DYVIDRINN GLYR

+
分子 #21: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 14.920837 KDa
配列文字列:
IDLDEATRTV VVDNAGNTTV LTPEQVKRGK RLFNATCGAC HVGGITKTNP NVGLDPEALS LATPRRDNIN ALVDYIKNPT TYDGLESIA EVHPSIKSAD IYPRMRSLTD EDLYSIAGHI MLSPKIASEK WGGGKIYY

+
分子 #22: PsbW

分子名称: PsbW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 5.720508 KDa
配列文字列:
NARFANGKPQ SIEAKYIMRS PAEWDRFMRF MDRYAEANGL GFSS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #23: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.502219 KDa
配列文字列:
MTASLSNFIA SLIAGGVVVG VIAIALIVIS KSDRI

+
分子 #24: PsbY

分子名称: PsbY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.634343 KDa
配列文字列:
DTRLLVIAAP VLVAASWALF NIGRLAIQQI QRL

+
分子 #25: PsbZ

分子名称: PsbZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 6.417546 KDa
配列文字列:
MITALTALFV LVSLALVVTV PVALATPGEW ETSKDQFNKI FQLWVGLVVA IATADGISTA I

+
分子 #26: FCP-E

分子名称: FCP-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.781801 KDa
配列文字列: AFEDELGAQP PLGFFDPLGL V(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)DG DQEKFDRLRY VEIKHGRISM LA VVGYLVQ EAGVRLPGTI DYSGKTFAEI PNGFAAFKEI PAGGLVQLLF FIGVLESSVM RDLT(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK) ...文字列:
AFEDELGAQP PLGFFDPLGL V(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)DG DQEKFDRLRY VEIKHGRISM LA VVGYLVQ EAGVRLPGTI DYSGKTFAEI PNGFAAFKEI PAGGLVQLLF FIGVLESSVM RDLT(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) TFDEETQFKK RAIELNQGRA AQMGILALM VHEQLGVSLL P(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #27: FCP-A

分子名称: FCP-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.98884 KDa
配列文字列:
ENELGAQPPL GFFDPLGLVE DGNQAKFDRL RYVELKHGRI SMLAVVGYLI EKAGIRLPGN ISYDGTTFAD IPDGFAALSK IPDAGLFQL FAFIGFLEVF VMKDITGGEF VGDFRNGFID FGWDSFDEET KLKKRAIELN QGRAAMMGIL ALMVHEKLIP L GYDADLPI IGHL

+
分子 #28: FCP-F

分子名称: FCP-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.214701 KDa
配列文字列:
AFEDELGAQP PLGFFDPLGL VADGDQEKFD RLRYVEIKHG RISMLAVVGY LVQEAGVRLP GTIDYSGKTF AEIPNGFAAF KEIPAGGLV QLLFFIGVLE SSVMRDLTGE AEFVGDFRNG AIDFGWDTFD EETQFKKRAI ELNQGRAAQM GILALMVHEQ L GVSLLP

+
分子 #29: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #30: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #31: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 230 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #32: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #33: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #34: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 10 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #35: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #36: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 22 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #37: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #38: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 36 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #39: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 14 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #40: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #41: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #42: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 22 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #43: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate
タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 124 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #44: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

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分子 #45: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 36 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #46: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 42033
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る