[日本語] English
万見
- EMDB-9676: Vibrio phage M4 capsid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9676
タイトルVibrio phage M4 capsid
マップデータThe icosahedral capsid of an El Tor vibriophage M4.
試料
  • ウイルス: Viruses (ウイルス)
生物種Viruses (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.4 Å
データ登録者Das S / Dutta M / Sen A / Ghosh AN
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Council of Scientific & Industrial Research21(0948)/13/EMR-II インド
引用ジャーナル: Arch Virol / 年: 2019
タイトル: Structural analysis and proteomics studies on the Myoviridae vibriophage M4.
著者: Sayani Das / Moumita Dutta / Anindito Sen / Amar N Ghosh /
要旨: Bacteriophages play a crucial role in tracking the spread of bacterial epidemics. The frequent emergence of antibiotic-resistant bacterial strains throughout the world has motivated studies on ...Bacteriophages play a crucial role in tracking the spread of bacterial epidemics. The frequent emergence of antibiotic-resistant bacterial strains throughout the world has motivated studies on bacteriophages that can potentially be used in phage therapy as an alternative to conventional antibiotic treatment. A recent outbreak of cholera in Haiti took many lives due to a rapid development of resistance to the available antibiotics. The properties of vibriophages, bacteriophages that infect Vibrio cholerae, are therefore of practical interest. A detailed understanding of the structure and assembly of a vibriophage is potentially useful in developing phage therapy against cholera as well as for fabricating artificial nanocontainers. Therefore, the aim of the present study was to determine the three-dimensional organization of vibriophage M4 at sub-nanometer resolution by electron microscopy and single-particle analysis techniques to facilitate its use as a therapeutic agent. We found that M4 has a large capsid with T = 13 icosahedral symmetry and a long contractile tail. This double-stranded DNA phage also contains a head-to-tail connector protein complex that joins the capsid to the tail and a prominent baseplate at the end of the tail. This study also provides information regarding the proteome of this phage, which is proteins similar to that of other Myoviridae phages, and most of the encoded proteins are structural proteins that form the exquisite architecture of this bacteriophage.
履歴
登録2018年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2019年10月9日-
現状2019年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9676.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The icosahedral capsid of an El Tor vibriophage M4.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.59 Å/pix.
x 360 pix.
= 933.048 Å		2.59 Å/pix.
x 360 pix.
= 933.048 Å		2.59 Å/pix.
x 360 pix.
= 933.048 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5918 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.17 / ムービー #1: 1.17
最小 - 最大-0.1417114 - 5.0684667
平均 (標準偏差)0.15158607 (±0.4668119)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 933.048 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.59182.59182.5918
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z933.048933.048933.048
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ224224224
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1425.0680.152

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Viruses

全体名称: Viruses (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Viruses (ウイルス)

-
超分子 #1: Viruses

超分子名称: Viruses / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Vibrio phage M4, ATCC number-51354-B4 / NCBI-ID: 10239 / 生物種: Viruses / Sci species strain: M4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Vibrio cholerae MAK 757 (コレラ菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Vibrio phage M4 capsid / 直径: 800.0 Å / T番号(三角分割数): 13

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る