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- EMDB-9662: 19A ZPC cryo-EM map of Eh V-ATPase-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9662
タイトル19A ZPC cryo-EM map of Eh V-ATPase-Fab
マップデータ19A ZPC cryo-EM map of Eh V-ATPase-Fab
試料
  • 複合体: Enterococcus hirae V-ATPse
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Tsunoda J / Song C / Imai FL / Murata T / Ueno H / Iino R / Takagi J / Murata K
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Off-axis rotor in Enterococcus hirae V-ATPase visualized by Zernike phase plate single-particle cryo-electron microscopy.
著者: Jun Tsunoda / Chihong Song / Fabiana Lica Imai / Junichi Takagi / Hiroshi Ueno / Takeshi Murata / Ryota Iino / Kazuyoshi Murata /
要旨: EhV-ATPase is an ATP-driven Na pump in the eubacteria Enterococcus hirae (Eh). Here, we present the first entire structure of detergent-solubilized EhV-ATPase by single-particle cryo-electron ...EhV-ATPase is an ATP-driven Na pump in the eubacteria Enterococcus hirae (Eh). Here, we present the first entire structure of detergent-solubilized EhV-ATPase by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) using Zernike phase plate. The cryo-EM map dominantly showed one of three catalytic conformations in this rotary enzyme. To further stabilize the originally heterogeneous structure caused by the ATP hydrolysis states of the V-ATPases, a peptide epitope tag system was adopted, in which the inserted peptide epitope sequence interfered with rotation of the central rotor by binding the Fab. As a result, the map unexpectedly showed another catalytic conformation of EhV-ATPase. Interestingly, these two conformations identified with and without Fab conversely coincided with those of the minor state 2 and the major state 1 of Thermus thermophilus V/A-ATPase, respectively. The most prominent feature in EhV-ATPase was the off-axis rotor, where the cytoplasmic V domain was connected to the transmembrane V domain through the off-axis central rotor. Furthermore, compared to the structure of ATP synthases, the larger size of the interface between the transmembrane a-subunit and c-ring of EhV-ATPase would be more advantageous for active ion pumping.
履歴
登録2018年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0262
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0262
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈19A ZPC cryo-EM map of Eh V-ATPase-Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.99 Å/pix.
x 200 pix.
= 398.4 Å		1.99 Å/pix.
x 200 pix.
= 398.4 Å		1.99 Å/pix.
x 200 pix.
= 398.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.992 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0262 / ムービー #1: 0.0262
最小 - 最大-0.04633683 - 0.08095652
平均 (標準偏差)0.0013634621 (±0.00937568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.9921.9921.992
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z398.400398.400398.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0460.0810.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterococcus hirae V-ATPse

全体名称: Enterococcus hirae V-ATPse
要素
  • 複合体: Enterococcus hirae V-ATPse

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超分子 #1: Enterococcus hirae V-ATPse

超分子名称: Enterococcus hirae V-ATPse / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 800 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
糖包埋材質: ice
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 76.0 K / 最高: 76.0 K
特殊光学系位相板: ZERNIKE PHASE PLATE
エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-75 / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 1302 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.25 µm / 倍率（補正後）: 32129 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 114509
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 35413
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 12 / 平均メンバー数/クラス: 5000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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