EMDB-9628: FLAG-tagged mouse Wnt3a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-9628

タイトル

FLAG-tagged mouse Wnt3a

マップデータ

FLAG-tagged mouse Wnt3a

試料

複合体: FLAG-tagged mouse Wnt3a

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.9 Å

データ登録者

Sato C / Takada S / Takada R

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Wnt3a proteins
著者: Sato C / Takada S

履歴

登録	2018年8月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2019年8月28日	-
マップ公開	2019年8月28日	-
更新	2019年8月28日	-
現状	2019年8月28日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.199 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.199 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_9628.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_9628.map.gz	722.3 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-9628-v30.xml emd-9628.xml	7.6 KB 7.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_9628.png	110.9 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9628	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_9628_validation.pdf.gz	78.6 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_9628_full_validation.pdf.gz	77.8 KB	表示
XML形式データ	emd_9628_validation.xml.gz	495 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9628	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k8m-1 5k8m-2 6j4a-d 6730 5k8p-d 5k8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_9628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

FLAG-tagged mouse Wnt3a

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.92 Å/pix. x 128 pix. = 245.76 Å	1.92 Å/pix. x 128 pix. = 245.76 Å	1.92 Å/pix. x 128 pix. = 245.76 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.92 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.199 / ムービー #1: 0.199
最小 - 最大	-0.41215074 - 0.36059734
平均 (標準偏差)	0.007153686 (±0.0380475)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	-64	-64	-64
サイズ	128	128	128
Spacing	128	128	128

セル

A=B=C: 245.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.92	1.92	1.92
M x/y/z	128	128	128
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	245.760	245.760	245.760
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	132	132	232
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	-64	-64	-64
NC/NR/NS	128	128	128
D min/max/mean	-0.412	0.361	0.007

-
全体 : FLAG-tagged mouse Wnt3a

全体	名称: FLAG-tagged mouse Wnt3a
要素	複合体: FLAG-tagged mouse Wnt3a

-
超分子 #1: FLAG-tagged mouse Wnt3a

超分子	名称: FLAG-tagged mouse Wnt3a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: L cells
分子量	実験値: 150 KDa

-
構造解析

手法	ネガティブ染色法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.002 mg/mL

緩衝液

pH: 7.4
構成要素:

濃度	式	名称
15.0 mM	HEPES
150.0 mM	NaCl	sodium chloride
0.1 mM	n-Dodecyl-beta-D-maltoside

染色

タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
詳細: Stained using 2% uranyl acetate on carbon-coated grids

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL 100CX
撮影	フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 20.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₃ (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4999
初期角度割当	タイプ: OTHER 詳細: Echo-correlated three-dimensional reconstruction method with simulated annealing
最終角度割当	タイプ: OTHER

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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