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万見
- EMDB-9608: Anthrax Toxin Receptor 1-bound full particles of Seneca Valley Vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9608
タイトルAnthrax Toxin Receptor 1-bound full particles of Seneca Valley Virus in acidic conditions
マップデータ
試料
  • ウイルス: Seneca valley virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP4
    • タンパク質・ペプチド: Anthrax toxin receptor 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSeneca Valley virus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


filopodium membrane / negative regulation of extracellular matrix assembly / blood vessel development / Uptake and function of anthrax toxins / lamellipodium membrane / collagen binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / actin filament binding ...filopodium membrane / negative regulation of extracellular matrix assembly / blood vessel development / Uptake and function of anthrax toxins / lamellipodium membrane / collagen binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / actin filament binding / transmembrane signaling receptor activity / channel activity / actin cytoskeleton organization / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endosome membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A ...Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / Picornavirus coat protein / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Anthrax toxin receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Seneca valley virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Lou ZY / Cao L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Seneca Valley virus attachment and uncoating mediated by its receptor anthrax toxin receptor 1.
著者: Lin Cao / Ran Zhang / Tingting Liu / Zixian Sun / Mingxu Hu / Yuna Sun / Lingpeng Cheng / Yu Guo / Sheng Fu / Junjie Hu / Xiangmin Li / Chengqi Yu / Hanyang Wang / Huanchun Chen / Xueming Li ...著者: Lin Cao / Ran Zhang / Tingting Liu / Zixian Sun / Mingxu Hu / Yuna Sun / Lingpeng Cheng / Yu Guo / Sheng Fu / Junjie Hu / Xiangmin Li / Chengqi Yu / Hanyang Wang / Huanchun Chen / Xueming Li / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Ping Qian / Zhiyong Lou / Zihe Rao /
要旨: Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. SVV mediates cell entry by attachment to the receptor anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1). Here ...Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. SVV mediates cell entry by attachment to the receptor anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1). Here we determine atomic structures of mature SVV particles alone and in complex with ANTXR1 in both neutral and acidic conditions, as well as empty "spent" particles in complex with ANTXR1 in acidic conditions by cryoelectron microscopy. SVV engages ANTXR1 mainly by the VP2 DF and VP1 CD loops, leading to structural changes in the VP1 GH loop and VP3 GH loop, which attenuate interprotomer interactions and destabilize the capsid assembly. Despite lying on the edge of the attachment site, VP2 D146 interacts with the metal ion in ANTXR1 and is required for cell entry. Though the individual substitution of most interacting residues abolishes receptor binding and virus propagation, a serine-to-alanine mutation at VP2 S177 significantly increases SVV proliferation. Acidification of the SVV-ANTXR1 complex results in a major reconfiguration of the pentameric capsid assemblies, which rotate ∼20° around the icosahedral fivefold axes to form a previously uncharacterized spent particle resembling a potential uncoating intermediate with remarkable perforations at both two- and threefold axes. These structures provide high-resolution snapshots of SVV entry, highlighting opportunities for anticancer therapeutic optimization.
履歴
登録2018年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月6日-
マップ公開2019年2月6日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6adm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 550 pix.
= 599.5 Å		1.09 Å/pix.
x 550 pix.
= 599.5 Å		1.09 Å/pix.
x 550 pix.
= 599.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0569943 - 0.12408534
平均 (標準偏差)0.00106498 (±0.006466932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ550550550
Spacing550550550
セルA=B=C: 599.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z550550550
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z599.500599.500599.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-6-10-25
NX/NY/NZ564636
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS550550550
D min/max/mean-0.0570.1240.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Seneca valley virus

全体名称: Seneca valley virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Seneca valley virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP4
    • タンパク質・ペプチド: Anthrax toxin receptor 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Seneca valley virus

超分子名称: Seneca valley virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 390157 / 生物種: Seneca valley virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Seneca valley virus (ウイルス)
分子量理論値: 28.459969 KDa
配列文字列: STDNAETGVI EAGNTDTDFS GELAAPGSNH TNVKFLFDRS RLLNVIKVLE KDAVFPRPFP TQEGAQQDDG YFCLLTPRPT VASRPATRF GLYANPSGSG VLANTSLDFN FYSLACFTYF RSDLEVTVVS LEPDLEFAVG WFPSGSEYQA SSFVYDQLHV P FHFTGRTP ...文字列:
STDNAETGVI EAGNTDTDFS GELAAPGSNH TNVKFLFDRS RLLNVIKVLE KDAVFPRPFP TQEGAQQDDG YFCLLTPRPT VASRPATRF GLYANPSGSG VLANTSLDFN FYSLACFTYF RSDLEVTVVS LEPDLEFAVG WFPSGSEYQA SSFVYDQLHV P FHFTGRTP RAFASKGGKV SFVLPWNSVS SVLPVRWGGA SKLSSATRGL PAHADWGTIY AFVPRPNEKK STAVKHVAVY IR YKNARAW CPSMLPFRSY K

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Seneca valley virus (ウイルス)
分子量理論値: 26.296883 KDa
配列文字列: PIPTAPRENS LMFLSTLPDD TVPAYGNVRT PPVNYLPGEI TDLLQLARIP TLMAFERVPE PVPASDTYVP YVAVPTQFDD RPLISFPIT LSDPVYQNTL VGAISSNFAN YRGCIQITLT FCGPMMARGK FLLSYSPPNG TQPQTLSEAM QCTYSIWDIG L NSSWTFVV ...文字列:
PIPTAPRENS LMFLSTLPDD TVPAYGNVRT PPVNYLPGEI TDLLQLARIP TLMAFERVPE PVPASDTYVP YVAVPTQFDD RPLISFPIT LSDPVYQNTL VGAISSNFAN YRGCIQITLT FCGPMMARGK FLLSYSPPNG TQPQTLSEAM QCTYSIWDIG L NSSWTFVV PYISPSDYRE TRAITNSVYS ADGWFSLHKL TKITLPPDCP QSPCILFFAS AGEDYTLRLP VDCNPSYVF

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Seneca valley virus (ウイルス)
分子量理論値: 29.813266 KDa
配列文字列: DRVTTQTAGN TAINTQSSLG VLCAYVEDPT KSDPPSSSTD QPTTTFTAID RWYTGRLNSW TKAVKTFSFQ AVPLPGAFLS RQGGLNGGA FTATLHRHFL MKCGWQVQVQ CNLTQFHQGA LLVAMVPETT LDVKPDGKAK SLQELNEEQW VEMSDDYRTG K NMPFQSLG ...文字列:
DRVTTQTAGN TAINTQSSLG VLCAYVEDPT KSDPPSSSTD QPTTTFTAID RWYTGRLNSW TKAVKTFSFQ AVPLPGAFLS RQGGLNGGA FTATLHRHFL MKCGWQVQVQ CNLTQFHQGA LLVAMVPETT LDVKPDGKAK SLQELNEEQW VEMSDDYRTG K NMPFQSLG TYYRPPNWTW GPNFINPYQV TVFPHQILNA RTSTSVDINV PYIGETPTQS SETQNSWTLL VMVLVPLDYK EG ATTDPEI TFSVRPTSPY FNGLRNRYTA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Seneca valley virus (ウイルス)
分子量理論値: 5.998467 KDa
配列文字列:
RGNNGNMTFN YYANTYQNSV DFSTSSSASG AGPGNSRGGL AGLLTNFSGI LNPLGYLK

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: Anthrax toxin receptor 1

分子名称: Anthrax toxin receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.31602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
SMACYGGFDL YFILDKSGSV LHHWNEIYYF VEQLAHKFIS PQLRMSFIVF STRGTTLMKL TEDREQIRQG LEELQKVLPG GDTYMHEGF ERASEQIYYE NRQGYRTASV IIALTDGELH EDLFFYSERE ANRSRDLGAI VYAVGVKDFN ETQLARIADS K DHVFPVND GFQALQGIIH SILKKSC

UniProtKB: Anthrax toxin receptor 1

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.63 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9167
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6adm:
Anthrax Toxin Receptor 1-bound full particles of Seneca Valley Virus in acidic conditions

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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