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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9563 | |||||||||
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タイトル | IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #1 | |||||||||
![]() | IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #1 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / thalamus development / vocalization behavior / paranode region of axon ...limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / thalamus development / vocalization behavior / paranode region of axon / striatum development / juxtaparanode region of axon / adult behavior / transmission of nerve impulse / social behavior / positive regulation of gap junction assembly / axolemma / prepulse inhibition / voltage-gated potassium channel complex / neuron projection morphogenesis / learning / synaptic membrane / brain development / cerebral cortex development / neuron projection development / protease binding / perikaryon / transmembrane transporter binding / cell population proliferation / early endosome / cell adhesion / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.3 Å | |||||||||
![]() | Lu Z / Reddy MS / Liu JF / Kalichava A / Liu JK / Zhang L / Chen F / Wang Y / Holthauzen LM / Seshadrinathan S ...Lu Z / Reddy MS / Liu JF / Kalichava A / Liu JK / Zhang L / Chen F / Wang Y / Holthauzen LM / Seshadrinathan S / Zhong XY / Ren G / Rudenko G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Architecture of Contactin-associated Protein-like 2 (CNTNAP2) and Its Interaction with Contactin 2 (CNTN2). 著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / ...著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / Xiaoying Zhong / Gang Ren / Gabby Rudenko / ![]() ![]() 要旨: Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum ...Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum disorder, intellectual disability, and language delay. We reveal here by electron microscopy that the architecture of CNTNAP2 is composed of a large, medium, and small lobe that flex with respect to each other. Using epitope labeling and fragments, we assign the F58C, L1, and L2 domains to the large lobe, the FBG and L3 domains to the middle lobe, and the L4 domain to the small lobe of the CNTNAP2 molecular envelope. Our data reveal that CNTNAP2 has a very different architecture compared with neurexin 1α, a fellow member of the neurexin superfamily and a prototype, suggesting that CNTNAP2 uses a different strategy to integrate into the synaptic protein network. We show that the ectodomains of CNTNAP2 and contactin 2 (CNTN2) bind directly and specifically, with low nanomolar affinity. We show further that mutations in CNTNAP2 implicated in autism spectrum disorder are not segregated but are distributed over the whole ectodomain. The molecular shape and dimensions of CNTNAP2 place constraints on how CNTNAP2 integrates in the cleft of axo-glial and neuronal contact sites and how it functions as an organizing and adhesive molecule. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 38.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.6 MB 20.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6717C ![]() 9543C ![]() 9544C ![]() 9545C ![]() 9546C ![]() 9547C ![]() 9548C ![]() 9549C ![]() 9550C ![]() 9551C ![]() 9552C ![]() 9553C ![]() 9554C ![]() 9555C ![]() 9556C ![]() 9557C ![]() 9558C ![]() 9559C ![]() 9560C ![]() 9561C ![]() 9562C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation...
ファイル | emd_9563_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #1, additional map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation...
ファイル | emd_9563_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #1, additional map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CNTNAP2
全体 | 名称: CNTNAP2 |
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要素 |
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-超分子 #1: CNTNAP2
超分子 | 名称: CNTNAP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Human contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) ectodomain (or fragments) with a C-terminal ASTSHHHHHH tag were produced using baculovirus-mediated overexpression in High Five cells in ...詳細: Human contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) ectodomain (or fragments) with a C-terminal ASTSHHHHHH tag were produced using baculovirus-mediated overexpression in High Five cells in Insect-XPRESS+L-Glutamine medium (Lonza). |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 134 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.005 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranium formate / 詳細: 1% (w/v) uranyl formate | ||||||||||||
グリッド | モデル: EMSCF, 200-Cu / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. | ||||||||||||
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Zeiss in-column Omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 89 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 125000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET / 使用した粒子像数: 89 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: TOMOCTF |