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- EMDB-9541: Structure of TRiC-AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9541
タイトルStructure of TRiC-AMP-PNP
マップデータYeast TRiC-AMP-PNP at 4.6 angstroms resolution
試料
  • 複合体: Yeast TRiC-AMP-PNP
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit alpha
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit beta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit delta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit gamma
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit eta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit theta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
キーワードChaperonin / Yeast / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Zang Y / Jin M
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
CAS Pilot Strategic Science and Technology Projects BXDB08030201 中国
National Natural Science Foundation of China31270771 中国
National Natural Science Foundation of China31222016 中国
National Basic Research Program of China2013CB910401 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Staggered ATP binding mechanism of eukaryotic chaperonin TRiC (CCT) revealed through high-resolution cryo-EM.
著者: Yunxiang Zang / Mingliang Jin / Huping Wang / Zhicheng Cui / Liangliang Kong / Caixuan Liu / Yao Cong /
要旨: The eukaryotic chaperonin TRiC (or CCT) assists in the folding of 10% of cytosolic proteins. Here we present two cryo-EM structures of Saccharomyces cerevisiae TRiC in a newly identified nucleotide ...The eukaryotic chaperonin TRiC (or CCT) assists in the folding of 10% of cytosolic proteins. Here we present two cryo-EM structures of Saccharomyces cerevisiae TRiC in a newly identified nucleotide partially preloaded (NPP) state and in the ATP-bound state, at 4.7-Å and 4.6-Å resolution, respectively. Through inner-subunit eGFP tagging, we identified the subunit locations in open-state TRiC and found that the CCT2 subunit pair forms an unexpected Z shape. ATP binding induces a dramatic conformational change on the CCT2 side, thereby suggesting that CCT2 plays an essential role in TRiC allosteric cooperativity. Our structural and biochemical data reveal a staggered ATP binding mechanism of TRiC with preloaded nucleotide on the CCT6 side of NPP-TRiC and demonstrate that TRiC has evolved into a complex that is structurally divided into two sides. This work offers insight into how the TRiC nucleotide cycle coordinates with its mechanical cycle in preparing folding intermediates for further productive folding.
履歴
登録2016年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月26日-
マップ公開2016年10月26日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.921
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.921
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gw5
  • 表面レベル: 0.921
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9541.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast TRiC-AMP-PNP at 4.6 angstroms resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.921 / ムービー #1: 0.921
最小 - 最大-1.5845709 - 3.335837
平均 (標準偏差)0.028204367 (±0.16525468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.408337.408337.408
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.5853.3360.028

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Yeast TRiC-AMP-PNP

全体名称: Yeast TRiC-AMP-PNP
要素
  • 複合体: Yeast TRiC-AMP-PNP
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit alpha
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit beta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit delta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit gamma
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit eta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit theta
    • 複合体: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta

+
超分子 #1: Yeast TRiC-AMP-PNP

超分子名称: Yeast TRiC-AMP-PNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Yeast TRiC ATP-binding state
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 960 KDa

+
超分子 #2: T-complex protein 1 subunit alpha

超分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1

+
超分子 #3: T-complex protein 1 subunit beta

超分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1

+
超分子 #4: T-complex protein 1 subunit delta

超分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1

+
超分子 #5: T-complex protein 1 subunit epsilon

超分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1

+
超分子 #6: T-complex protein 1 subunit gamma

超分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1

+
超分子 #7: T-complex protein 1 subunit eta

超分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1

+
超分子 #8: T-complex protein 1 subunit theta

超分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1

+
超分子 #9: T-complex protein 1 subunit zeta

超分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1

+
分子 #1: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 60.557566 KDa
配列文字列: MSQLFNNSRS DTLFLGGEKI SGDDIRNQNV LATMAVANVV KSSLGPVGLD KMLVDDIGDF TVTNDGATIL SLLDVQHPAG KILVELAQQ QDREIGDGTT SVVIIASELL KRANELVKNK IHPTTIITGF RVALREAIRF INEVLSTSVD TLGKETLINI A KTSMSSKI ...文字列:
MSQLFNNSRS DTLFLGGEKI SGDDIRNQNV LATMAVANVV KSSLGPVGLD KMLVDDIGDF TVTNDGATIL SLLDVQHPAG KILVELAQQ QDREIGDGTT SVVIIASELL KRANELVKNK IHPTTIITGF RVALREAIRF INEVLSTSVD TLGKETLINI A KTSMSSKI IGADSDFFSN MVVDALLAVK TQNSKGEIKY PVKAVNVLKA HGKSATESLL VPGYALNCTV ASQAMPKRIA GG NVKIACL DLNLQKARMA MGVQINIDDP EQLEQIRKRE AGIVLERVKK IIDAGAQVVL TTKGIDDLCL KEFVEAKIMG VRR CKKEDL RRIARATGAT LVSSMSNLEG EETFESSYLG LCDEVVQAKF SDDECILIKG TSKHSSSSII LRGANDYSLD EMER SLHDS LSVVKRTLES GNVVPGGGCV EAALNIYLDN FATTVGSREQ LAIAEFAAAL LIIPKTLAVN AAKDSSELVA KLRSY HAAS QMAKPEDVKR RSYRNYGLDL IRGKIVDEIH AGVLEPTISK VKSLKSALEA CVAILRIDTM ITVDPEPPKE DPHDH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

+
分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 57.276254 KDa
配列文字列: MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVG DGTTSVTVLS AELLREAEKL IDQSKIHPQT IIEGYRLASA AALDALTKAA VDNSHDKTMF REDLIHIAKT T LSSKILSQ ...文字列:
MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVG DGTTSVTVLS AELLREAEKL IDQSKIHPQT IIEGYRLASA AALDALTKAA VDNSHDKTMF REDLIHIAKT T LSSKILSQ DKDHFAELAT NAILRLKGST NLEHIQIIKI LGGKLSDSFL DEGFILAKKF GNNQPKRIEN AKILIANTTL DT DKVKIFG TKFKVDSTAK LAQLEKAERE KMKNKIAKIS KFGINTFINR QLIYDYPEQL FTDLGINSIE HADFEGVERL ALV TGGEVV STFDEPSKCK LGECDVIEEI MLGEQPFLKF SGCKAGEACT IVLRGATDQT LDEAERSLHD ALSVLSQTTK ETRT VLGGG CAEMVMSKAV DTEAQNIDGK KSLAVEAFAR ALRQLPTILA DNAGFDSSEL VSKLRSSIYN GISTSGLDLN NGTIA DMRQ LGIVESYKLK RAVVSSASEA AEVLLRVDNI IRARPRTANR QHM

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

+
分子 #3: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 57.68241 KDa
配列文字列: MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEA GDGTTSVVIL TGALLGAAER LLNKGIHPTI IADSFQSAAK RSVDILLEMC HKVSLSDREQ LVRAASTSLS S KIVSQYSS ...文字列:
MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEA GDGTTSVVIL TGALLGAAER LLNKGIHPTI IADSFQSAAK RSVDILLEMC HKVSLSDREQ LVRAASTSLS S KIVSQYSS FLAPLAVDSV LKISDENSKN VDLNDIRLVK KVGGTIDDTE MIDGVVLTQT AIKSAGGPTR KEKAKIGLIQ FQ ISPPKPD TENNIIVNDY RQMDKILKEE RAYLLNICKK IKKAKCNVLL IQKSILRDAV NDLALHFLSK LNIMVVKDIE REE IEFLSK GLGCKPIADI ELFTEDRLGS ADLVEEIDSD GSKIVRVTGI RNNNARPTVS VVIRGANNMI IDETERSLHD ALCV IRCLV KERGLIAGGG APEIEISRRL SKEARSMEGV QAFIWQEFAS ALEVIPTTLA ENAGLNSIKV VTELRSKHEN GELND GISV RRSGTTNTYE EHILQPVLVS TSAITLASEC VKSILRIDDI AFSR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

+
分子 #4: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 61.995004 KDa
配列文字列: MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGAT ILSQMELDNE IAKLLVQLSK SQDDEIGDGT TGVVVLASAL LDQALELIQK GIHPIKIANG FDEAAKLAIS K LEETCDDI ...文字列:
MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGAT ILSQMELDNE IAKLLVQLSK SQDDEIGDGT TGVVVLASAL LDQALELIQK GIHPIKIANG FDEAAKLAIS K LEETCDDI SASNDELFRD FLLRAAKTSL GSKIVSKDHD RFAEMAVEAV INVMDKDRKD VDFDLIKMQG RVGGSISDSK LI NGVILDK DFSHPQMPKC VLPKEGSDGV KLAILTCPFE PPKPKTKHKL DISSVEEYQK LQTYEQDKFK EMIDDVKKAG ADV VICQWG FDDEANHLLL QNDLPAVRWV GGQELEHIAI STNGRIVPRF QDLSKDKLGT CSRIYEQEFG TTKDRMLIIE QSKE TKTVT CFVRGSNKMI VDEAERALHD SLCVVRNLVK DSRVVYGGGA AEVTMSLAVS EEADKQRGID QYAFRGFAQA LDTIP MTLA ENSGLDPIGT LSTLKSKQLK EKISNIGVDC LGYGSNDMKE LFVVDPFIGK KQQILLATQL CRMILKIDNV IISGKD EY

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

+
分子 #5: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 58.889094 KDa
配列文字列: MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEV GDGTTTVIIL AGEILAQCAP YLIEKNIHPV IIIQALKKAL TDALEVIKQV SKPVDVENDA AMKKLIQASI G TKYVIHWS ...文字列:
MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEV GDGTTTVIIL AGEILAQCAP YLIEKNIHPV IIIQALKKAL TDALEVIKQV SKPVDVENDA AMKKLIQASI G TKYVIHWS EKMCELALDA VKTVRKDLGQ TVEGEPNFEI DIKRYVRVEK IPGGDVLDSR VLKGVLLNKD VVHPKMSRHI EN PRVVLLD CPLEYKKGES QTNIEIEKEE DWNRILQIEE EQVQLMCEQI LAVRPTLVIT EKGVSDLAQH YLLKGGCSVL RRV KKSDNN RIARVTGATI VNRVEDLKES DVGTNCGLFK VEMIGDEYFS FLDNCKEPKA CTIMLRGGSK DILNEIDRNL QDAM AVARN VMLSPSLSPG GGATEMAVSV KLAEKAKQLE GIQQWPYQAV ADAMECIPRT LIQNAGGDPI RLLSQLRAKH AQGNF TTGI DGDKGKIVDM VSYGIWEPEV IKQQSVKTAI ESACLLLRVD DIVSGVRKQE

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma

+
分子 #6: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 59.802438 KDa
配列文字列: MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRA QDAEVGDGTT SVTILAGELM KEAKPFLEEG ISSHLIMKGY RKAVSLAVEK INELAVDITS EKSSGRELLE R CARTAMSS ...文字列:
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UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

+
分子 #7: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 61.735102 KDa
配列文字列: MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMAT EQQKIDMGDG TNLVMILAGE LLNVSEKLIS MGLSAVEIIQ GYNMARKFTL KELDEMVVGE ITDKNDKNEL L KMIKPVIS ...文字列:
MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMAT EQQKIDMGDG TNLVMILAGE LLNVSEKLIS MGLSAVEIIQ GYNMARKFTL KELDEMVVGE ITDKNDKNEL L KMIKPVIS SKKYGSEDIL SELVSEAVSH VLPVAQQAGE IPYFNVDSIR VVKIMGGSLS NSTVIKGMVF NREPEGHVKS LS EDKKHKV AVFTCPLDIA NTETKGTVLL HNAQEMLDFS KGEEKQIDAM MKEIADMGVE CIVAGAGVGE LALHYLNRYG ILV LKVPSK FELRRLCRVC GATPLPRLGA PTPEELGLVE TVKTMEIGGD RVTVFKQEQG EISRTSTIIL RGATQNNLDD IERA IDDGV AAVKGLMKPS GGKLLPGAGA TEIELISRIT KYGERTPGLL QLAIKQFAVA FEVVPRTLAE TAGLDVNEVL PNLYA AHNV TEPGAVKTDH LYKGVDIDGE SDEGVKDIRE ENIYDMLATK KFAINVATEA ATTVLSIDQI IMAKKAGGPR APQGPR PGN WDQED

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

+
分子 #8: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 59.997559 KDa
配列文字列: MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGD GTTTVVCLVG ELLRQAHRFI QEGVHPRIIT DGFEIARKES MKFLDEFKIS KTNLSNDREF LLQVARSSLL T KVDADLTE ...文字列:
MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGD GTTTVVCLVG ELLRQAHRFI QEGVHPRIIT DGFEIARKES MKFLDEFKIS KTNLSNDREF LLQVARSSLL T KVDADLTE VLTPIVTDAV LSVYDAQADN LDLHMVEIMQ MQHLSPKDTT FIKGLVLDHG GRHPDMPTRV KNAYVLILNV SL EYEKTEV NSGFFYSSAD QRDKLAASER KFVDAKLKKI IDLKNEVCGM DPDKGFVIIN QKGIDPMSLD VFAKHNILAL RRA KRRNME RLQLVTGGEA QNSVEDLSPQ ILGFSGLVYQ ETIGEEKFTY VTENTDPKSC TILIKGSTHY ALAQTKDAVR DGLR AVANV LKDKNIIPGA GAFYIALSRY LRSANMNKLG AKGKTKTGIE AFAEALLVIP KTLVKNSGFD PLDVLAMVED ELDDA QDSD ETRYVGVDLN IGDSCDPTIE GIWDSYRVLR NAITGATGIA SNLLLCDELL RAGRSTLKET PQ

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 18000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.005 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 126441
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A previous asymmetric bovine apo-TRiC structure, but eight-fold symmetrized (C8 symmetry, but no symmetry was imposed between thetwo rings) and low-pass filtered to 60 angstroms.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67990
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5gw5:
Structure of TRiC-AMP-PNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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