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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9538 | |||||||||
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タイトル | Kinesin-8 motor, KIF19A, in the nucleotide-free state complexed with GDP-taxol microtubule | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Kinesin-8 / KIF19A / GDP-taxol-microtubule / Plus-end directed motor / Microtubule depolymerization / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal microtubule depolymerization / plus-end specific microtubule depolymerization / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / plus-end-directed microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / axoneme / cilium / microtubule binding ...axonemal microtubule depolymerization / plus-end specific microtubule depolymerization / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / plus-end-directed microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / axoneme / cilium / microtubule binding / microtubule / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Morikawa M / Nitta R / Yajima H / Shigematsu H / Kikkawa M / Hirokawa N | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Motility and microtubule depolymerization mechanisms of the Kinesin-8 motor, KIF19A. 著者: Doudou Wang / Ryo Nitta / Manatsu Morikawa / Hiroaki Yajima / Shigeyuki Inoue / Hideki Shigematsu / Masahide Kikkawa / Nobutaka Hirokawa / 要旨: The kinesin-8 motor, KIF19A, accumulates at cilia tips and controls cilium length. Defective KIF19A leads to hydrocephalus and female infertility because of abnormally elongated cilia. Uniquely among ...The kinesin-8 motor, KIF19A, accumulates at cilia tips and controls cilium length. Defective KIF19A leads to hydrocephalus and female infertility because of abnormally elongated cilia. Uniquely among kinesins, KIF19A possesses the dual functions of motility along ciliary microtubules and depolymerization of microtubules. To elucidate the molecular mechanisms of these functions we solved the crystal structure of its motor domain and determined its cryo-electron microscopy structure complexed with a microtubule. The features of KIF19A that enable its dual function are clustered on its microtubule-binding side. Unexpectedly, a destabilized switch II coordinates with a destabilized L8 to enable KIF19A to adjust to both straight and curved microtubule protofilaments. The basic clusters of L2 and L12 tether the microtubule. The long L2 with a characteristic acidic-hydrophobic-basic sequence effectively stabilizes the curved conformation of microtubule ends. Hence, KIF19A utilizes multiple strategies to accomplish the dual functions of motility and microtubule depolymerization by ATP hydrolysis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9538.map.gz | 10.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9538-v30.xml emd-9538.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9538.png | 188.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9538.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9538 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9538 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9538_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9538_full_validation.pdf.gz | 439.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9538_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9538_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9538 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9538 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.284 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KIF19A motor domain complexed with GDP-taxol-MT
全体 | 名称: KIF19A motor domain complexed with GDP-taxol-MT |
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要素 |
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-超分子 #1: KIF19A motor domain complexed with GDP-taxol-MT
超分子 | 名称: KIF19A motor domain complexed with GDP-taxol-MT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Kinesin-like protein KIF19
分子 | 名称: Kinesin-like protein KIF19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 40.636031 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
配列 | 文字列: MKDSGDSKDQ QLMVALRVRP ISVAELEEGA TLIAHKMDEQ MVVLMDPMED PDDILRAHRS REKSYLFDVA FDFTATQEMV YQATTKSLI EGVISGYNAT VFAYGPTGCG KTYTMLGTDH EPGIYVRTLN DLFRAIEETS NDMEYEVSMS YLEIYNEMIR D LLNPALGY ...文字列: MKDSGDSKDQ QLMVALRVRP ISVAELEEGA TLIAHKMDEQ MVVLMDPMED PDDILRAHRS REKSYLFDVA FDFTATQEMV YQATTKSLI EGVISGYNAT VFAYGPTGCG KTYTMLGTDH EPGIYVRTLN DLFRAIEETS NDMEYEVSMS YLEIYNEMIR D LLNPALGY LELREDSKGV IQVAGITEVS TINAKEIMQL LMKGNRQRTQ EPTAANQTSS RSHAVLQVAV RQRSRVKNIL QE VRQGRLF MIDLAGSERA SQTQNRGQRM KEGAHINRSL LALGNCINAL SDKGSNKYIN YRDSKLTRLL KDSLGGNSRT VMI AHISPA STAFEESRNT LTYAGRAKNI RTRVKQNHHH HHHH UniProtKB: Kinesin-like protein KIF19 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.727751 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.717620 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: High-resolution noise substitution was performed. / 使用した粒子像数: 471380 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |