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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9523 | |||||||||
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タイトル | Human dimeric ATM kinase | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Huen MS / Lau WC | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural characterization of the human ATM kinase 著者: Lau WC / Li Y / Liu Z / Gao Y / Zhang Q / Huen MS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9523.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9523-v30.xml emd-9523.xml | 7.4 KB 7.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9523.png | 33.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9523 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9523 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9523_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9523_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9523_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9523 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9523 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.61 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human dimeric ATM kinase
全体 | 名称: Human dimeric ATM kinase |
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要素 |
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-超分子 #1: Human dimeric ATM kinase
超分子 | 名称: Human dimeric ATM kinase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pcDNA3.1(+)Flag-His-Atm wt |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 6218 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |