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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9385
タイトルThe central pair complex of sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) sperm resolved by cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging
マップデータThe central pair complex of sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) sperm resolved by cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The central pair complex/apparatus (2167 repeats) averaged from 41 Strongylocentrotus sea urchin sperms
生物種Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Carbajal-Gonzalez BI / Heuser T / Fu X / Lin J / Smith BW / Mitchell DR / Fu G / Nicastro D
引用ジャーナル: Cytoskeleton (Hoboken) / 年: 2013
タイトル: Conserved structural motifs in the central pair complex of eukaryotic flagella.
著者: Blanca I Carbajal-González / Thomas Heuser / Xiaofeng Fu / Jianfeng Lin / Brandon W Smith / David R Mitchell / Daniela Nicastro /
要旨: Cilia and flagella are conserved hair-like appendages of eukaryotic cells that function as sensing and motility generating organelles. Motility is driven by thousands of axonemal dyneins that require ...Cilia and flagella are conserved hair-like appendages of eukaryotic cells that function as sensing and motility generating organelles. Motility is driven by thousands of axonemal dyneins that require precise regulation. One essential motility regulator is the central pair complex (CPC) and many CPC defects cause paralysis of cilia/flagella. Several human diseases, such as immotile cilia syndrome, show CPC abnormalities, but little is known about the detailed three-dimensional (3D) structure and function of the CPC. The CPC is located in the center of typical [9+2] cilia/flagella and is composed of two singlet microtubules (MTs), each with a set of associated projections that extend toward the surrounding nine doublet MTs. Using cryo-electron tomography coupled with subtomogram averaging, we visualized and compared the 3D structures of the CPC in both the green alga Chlamydomonas and the sea urchin Strongylocentrotus at the highest resolution published to date. Despite the evolutionary distance between these species, their CPCs exhibit remarkable structural conservation. We identified several new projections, including those that form the elusive sheath, and show that the bridge has a more complex architecture than previously thought. Organism-specific differences include the presence of MT inner proteins in Chlamydomonas, but not Strongylocentrotus, and different overall outlines of the highly connected projection network, which forms a round-shaped cylinder in algae, but is more oval in sea urchin. These differences could be adaptations to the mechanical requirements of the rotating CPC in Chlamydomonas, compared to the Strongylocentrotus CPC which has a fixed orientation.
履歴
登録2019年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2019年1月16日-
現状2019年1月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9385.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9385.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The central pair complex of sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) sperm resolved by cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.856 Å
密度
表面レベル登録者による: 126.0 / ムービー #1: 126
最小 - 最大107.892334000000005 - 139.692520000000002
平均 (標準偏差)118.929749999999999 (±4.037084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 985.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.8569.8569.856
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z985.600985.600985.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean107.892139.693118.930

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The central pair complex/apparatus (2167 repeats) averaged from 4...

全体名称: The central pair complex/apparatus (2167 repeats) averaged from 41 Strongylocentrotus sea urchin sperms
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The central pair complex/apparatus (2167 repeats) averaged from 41 Strongylocentrotus sea urchin sperms

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超分子 #1: The central pair complex/apparatus (2167 repeats) averaged from 4...

超分子名称: The central pair complex/apparatus (2167 repeats) averaged from 41 Strongylocentrotus sea urchin sperms
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
Organelle: sperm / 細胞中の位置: tail of sperm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: artificial sea water
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging.
詳細Freshly spawned sea urchin sperms in artificial sea water were used.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 2000 / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 6.0 µm / 倍率（補正後）: 13500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 2167
抽出トモグラム数: 41 / 使用した粒子像数: 2167
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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