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万見
- EMDB-9169: Electron cryo-tomography and subtomogram averaging of microtubule... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9169
タイトルElectron cryo-tomography and subtomogram averaging of microtubule triplet from procentriole
マップデータa subtomogram average of the B-tubule in procentriole from Chlamydomonas Reinhardtii
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Centriole
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.3 Å
データ登録者Li S / Fernandez JJ / Marshall W / Agard DA
資金援助 米国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM031627 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM118099 米国
European Union (EU)SAF2017-84565-REuropean Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Electron cryo-tomography provides insight into procentriole architecture and assembly mechanism.
著者: Sam Li / Jose-Jesus Fernandez / Wallace F Marshall / David A Agard /
要旨: Centriole is an essential structure with multiple functions in cellular processes. Centriole biogenesis and homeostasis is tightly regulated. Using electron cryo-tomography (cryoET) we present the ...Centriole is an essential structure with multiple functions in cellular processes. Centriole biogenesis and homeostasis is tightly regulated. Using electron cryo-tomography (cryoET) we present the structure of procentrioles from . We identified a set of non-tubulin components attached to the triplet microtubule (MT), many are at the junctions of tubules likely to reinforce the triplet. We describe structure of the A-C linker that bridges neighboring triplets. The structure infers that POC1 is likely an integral component of A-C linker. Its conserved WD40 β-propeller domain provides attachment sites for other A-C linker components. The twist of A-C linker results in an iris diaphragm-like motion of the triplets in the longitudinal direction of procentriole. Finally, we identified two assembly intermediates at the growing ends of procentriole allowing us to propose a model for the procentriole assembly. Our results provide a comprehensive structural framework for understanding the molecular mechanisms underpinning procentriole biogenesis and assembly.
履歴
登録2018年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.82
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.82
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9169.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈a subtomogram average of the B-tubule in procentriole from Chlamydomonas Reinhardtii
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.82 Å/pix.
x 120 pix.
= 578.4 Å		4.82 Å/pix.
x 120 pix.
= 578.4 Å		4.82 Å/pix.
x 120 pix.
= 578.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.82 / ムービー #1: 2.82
最小 - 最大-15.73361 - 15.787614
平均 (標準偏差)0.013066266 (±1.557976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin222
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 578.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.824.824.82
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z578.400578.400578.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS222
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-15.73415.7880.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Centriole

全体名称: Centriole
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Centriole

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超分子 #1: Centriole

超分子名称: Centriole / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: isolated centriole and procentriole
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC849

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 12179
抽出トモグラム数: 193 / 使用した粒子像数: 12937
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
結晶パラメータ単位格子 - A: 578.4 Å / 単位格子 - B: 578.4 Å / 単位格子 - C: 578.4 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: C1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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