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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9037 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter | |||||||||
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![]() | initiation / transcription bubble / closed clamp / open promoter complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding ...bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / nucleic acid binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Darst SA / Campbell EA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of an RNA polymerase promoter melting intermediate elucidate DNA unwinding. 著者: Hande Boyaci / James Chen / Rolf Jansen / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / ![]() ![]() 要旨: A key regulated step of transcription is promoter melting by RNA polymerase (RNAP) to form the open promoter complex. To generate the open complex, the conserved catalytic core of the RNAP combines ...A key regulated step of transcription is promoter melting by RNA polymerase (RNAP) to form the open promoter complex. To generate the open complex, the conserved catalytic core of the RNAP combines with initiation factors to locate promoter DNA, unwind 12-14 base pairs of the DNA duplex and load the template-strand DNA into the RNAP active site. Formation of the open complex is a multi-step process during which transient intermediates of unknown structure are formed. Here we present cryo-electron microscopy structures of bacterial RNAP-promoter DNA complexes, including structures of partially melted intermediates. The structures show that late steps of promoter melting occur within the RNAP cleft, delineate key roles for fork-loop 2 and switch 2-universal structural features of RNAP-in restricting access of DNA to the RNAP active site, and explain why clamp opening is required to allow entry of single-stranded template DNA into the active site. The key roles of fork-loop 2 and switch 2 suggest a common mechanism for late steps in promoter DNA opening to enable gene expression across all domains of life. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 46.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 195.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6edtMC ![]() 9039C ![]() 9041C ![]() 9047C ![]() 6ee8C ![]() 6eecC ![]() 6m7jC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.8 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of M.tuberculosis RNAP holoenzyme with RbpA and CarD and AP3 promoter DNA [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex
+超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA
+分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA
+分子 #9: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
+分子 #7: DNA (65-MER)
+分子 #8: DNA (65-MER)
+分子 #10: ZINC ION
+分子 #11: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 69.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 使用した粒子像数: 211381 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |