[日本語] English
万見
- EMDB-8801: Negative-stain EM reconstruction of H3v-47 Fab in complex with A/... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8801
タイトルNegative-stain EM reconstruction of H3v-47 Fab in complex with A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA and FI6v Fab
マップデータReconstruction of HA in complex with H3v-47 Fab and FI6v Fab.
試料
  • 複合体: A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA
    • 複合体: H3v-47 Fab
    • 複合体: FI6v Fab
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.8 Å
データ登録者Nieusma T / Ward AB
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2016
タイトル: Recognition of influenza H3N2 variant virus by human neutralizing antibodies.
著者: Sandhya Bangaru / Travis Nieusma / Nurgun Kose / Natalie J Thornburg / Jessica A Finn / Bryan S Kaplan / Hannah G King / Vidisha Singh / Rebecca M Lampley / Gopal Sapparapu / Alberto Cisneros ...著者: Sandhya Bangaru / Travis Nieusma / Nurgun Kose / Natalie J Thornburg / Jessica A Finn / Bryan S Kaplan / Hannah G King / Vidisha Singh / Rebecca M Lampley / Gopal Sapparapu / Alberto Cisneros / Kathryn M Edwards / James C Slaughter / Srilatha Edupuganti / Lilin Lai / Juergen A Richt / Richard J Webby / Andrew B Ward / James E Crowe /
要旨: Since 2011, over 300 human cases of infection, especially in exposed children, with the influenza A H3N2 variant (H3N2v) virus that circulates in swine in the US have been reported. The structural ...Since 2011, over 300 human cases of infection, especially in exposed children, with the influenza A H3N2 variant (H3N2v) virus that circulates in swine in the US have been reported. The structural and genetic basis for the lack of protection against H3N2v induced by vaccines containing seasonal H3N2 antigens is poorly understood. We isolated 17 human monoclonal antibodies (mAbs) that neutralized H3N2v virus from subjects experimentally immunized with an H3N2v candidate vaccine. Six mAbs exhibited very potent neutralizing activity (IC < 200 ng/ml) against the H3N2v virus but not against current human H3N2 circulating strains. Fine epitope mapping and structural characterization of antigen-antibody complexes revealed that H3N2v specificity was attributable to amino acid polymorphisms in the 150-loop and the 190-helix antigenic sites on the hemagglutinin protein. H3N2v-specific antibodies also neutralized human H3N2 influenza strains naturally circulating between 1995 and 2005. These results reveal a high level of antigenic relatedness between the swine H3N2v virus and previously circulating human strains, consistent with the fact that early human H3 seasonal strains entered the porcine population in the 1990s and reentered the human population, where they had not been circulating, as H3N2v about a decade later. The data also explain the increased susceptibility to H3N2v viruses in young children, who lack prior exposure to human seasonal strains from the 1990s.
履歴
登録2017年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2019年4月24日-
現状2019年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8801.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of HA in complex with H3v-47 Fab and FI6v Fab.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å		2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å		2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.6 / ムービー #1: 3.6
最小 - 最大-5.113778 - 15.210354000000001
平均 (標準偏差)0.000000002790279 (±0.90643466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-47-47-47
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-47-47-47
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-5.11415.2100.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA

全体名称: A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA
要素
  • 複合体: A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA
    • 複合体: H3v-47 Fab
    • 複合体: FI6v Fab

-
超分子 #1: A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA

超分子名称: A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: H3v-47 Fab in complex with A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA and FI6v Fab
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H3N2
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK Freestyle 293-F / 組換プラスミド: pcDNA3.1(+)
分子量理論値: 50 KDa

-
超分子 #2: H3v-47 Fab

超分子名称: H3v-47 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: H3v-47 Fab in complex with A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA and FI6v Fab
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: human hybridoma cell line

-
超分子 #3: FI6v Fab

超分子名称: FI6v Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Negative-stain EM reconstruction of H3v-47 Fab in complex with A/Minnesota/11/2010 H3N2v HA and FI6v Fab
由来(天然)生物種: Human (ヒト) / 株: H3N2
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
詳細: The complex was diluted to 2ug/ml, applied to freshly glow discharged 400 mesh carbon coated copper grids, and negatively stained with 2% uranyl formate.
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Carbon was evaporated upon grid prior to use.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 24.7 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 20.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.1) / 使用した粒子像数: 23175
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る