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- EMDB-8778: Type II secretin from Enteropathogenic Escherichia coli - GspD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8778
タイトルType II secretin from Enteropathogenic Escherichia coli - GspD
マップデータ
試料
  • 複合体: Type II sectretin outer membrane complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative type II secretion protein
キーワードType 2 secretin / outer membrane complex / homo oligomer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative type II secretion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hay ID / Belousoff MJ
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1092262 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FL130100038 オーストラリア
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2018
タイトル: Structure and Membrane Topography of the Vibrio-Type Secretin Complex from the Type 2 Secretion System of Enteropathogenic Escherichia coli.
著者: Iain D Hay / Matthew J Belousoff / Rhys A Dunstan / Rebecca S Bamert / Trevor Lithgow /
要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) complex is the core machinery for the assembly of β-barrel membrane proteins, and inhibition of BAM complex activity is lethal to bacteria. Discovery of ...The β-barrel assembly machinery (BAM) complex is the core machinery for the assembly of β-barrel membrane proteins, and inhibition of BAM complex activity is lethal to bacteria. Discovery of integral membrane proteins that are key to pathogenesis and yet do not require assistance from the BAM complex raises the question of how these proteins assemble into bacterial outer membranes. Here, we address this question through a structural analysis of the type 2 secretion system (T2SS) secretin from enteropathogenic O127:H6 strain E2348/69. Long β-strands assemble into a barrel extending 17 Å through and beyond the outer membrane, adding insight to how these extensive β-strands are assembled into the outer membrane. The substrate docking chamber of this secretin is shown to be sufficient to accommodate the substrate mucinase SteC. In order to cause disease, bacterial pathogens inhibit immune responses and induce pathology that will favor their replication and dissemination. In Gram-negative bacteria, these key attributes of pathogenesis depend on structures assembled into or onto the outer membrane. One of these is the T2SS. The -type T2SS mediates cholera toxin secretion in , and in O127:H6 strain E2348/69, the same machinery mediates secretion of the mucinases that enable the pathogen to penetrate intestinal mucus and thereby establish deadly infections.
履歴
登録2017年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月5日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5w68
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8778.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.71180654 - 1.3726916
平均 (標準偏差)0.0031074425 (±0.049994852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.280305.280305.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-179-179-179
NX/NY/NZ359359359
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.7121.3730.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type II sectretin outer membrane complex

全体名称: Type II sectretin outer membrane complex
要素
  • 複合体: Type II sectretin outer membrane complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative type II secretion protein

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超分子 #1: Type II sectretin outer membrane complex

超分子名称: Type II sectretin outer membrane complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: O127:H6 strain E2348/69

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分子 #1: Putative type II secretion protein

分子名称: Putative type II secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
分子量理論値: 41.192559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GNSQVFYLKY SKAEDLVDVL KQVSGTLTAA KEEAEGTVGS GREVVSIAAS KHSNALIVTA PQDIMQSLQS VIEQLDIRRA QVHVEALIV EVAEGSNINF GVQWGSKDAG LMQFANGTQI PIGTLGAAIS AAKPQKGSTV ISENGATTIN PDTNGDLSTL A QLLSGFSG ...文字列:
GNSQVFYLKY SKAEDLVDVL KQVSGTLTAA KEEAEGTVGS GREVVSIAAS KHSNALIVTA PQDIMQSLQS VIEQLDIRRA QVHVEALIV EVAEGSNINF GVQWGSKDAG LMQFANGTQI PIGTLGAAIS AAKPQKGSTV ISENGATTIN PDTNGDLSTL A QLLSGFSG TAVGVVKGDW MALVQAVKND SSSNVLSTPS ITTLDNQEAF FMVGQDVPVL TGSTVGSNNS NPFNTVERKK VG IMLKVTP QINEGNAVQM VIEQEVSKVE GQTSLDVVFG ERKLKTTVLA NDGELIVLGG LMDDQAGESV AKVPLLGDIP LIG NLFKST ADKKEKRNLM VFIRPTILRD GMAADGVSQR KYNYMRAEQI YRDEQGLSLM PHTAQPILPA Q

UniProtKB: Putative type II secretion protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-18 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 20000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.4) / 使用した粒子像数: 8896
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.4)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5w68:
Type II secretin from Enteropathogenic Escherichia coli - GspD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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