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万見
- EMDB-8603: Sub-tomogram average of the archaellar motor in Thermococcus koda... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8603
タイトルSub-tomogram average of the archaellar motor in Thermococcus kodakaraensis
マップデータ
試料
  • 複合体: Archaellar motor
生物種Thermococcus kodakaraensis (古細菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Chang Y-W / Kjaer A / Briegel A / Oikonomou CM / Jensen GJ
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: Morphology of the archaellar motor and associated cytoplasmic cone in .
著者: Ariane Briegel / Catherine M Oikonomou / Yi-Wei Chang / Andreas Kjær / Audrey N Huang / Ki Woo Kim / Debnath Ghosal / Hong H Nguyen / Dorothy Kenny / Rachel R Ogorzalek Loo / Robert P ...著者: Ariane Briegel / Catherine M Oikonomou / Yi-Wei Chang / Andreas Kjær / Audrey N Huang / Ki Woo Kim / Debnath Ghosal / Hong H Nguyen / Dorothy Kenny / Rachel R Ogorzalek Loo / Robert P Gunsalus / Grant J Jensen /
要旨: Archaeal swimming motility is driven by archaella: rotary motors attached to long extracellular filaments. The structure of these motors, and particularly how they are anchored in the absence of a ...Archaeal swimming motility is driven by archaella: rotary motors attached to long extracellular filaments. The structure of these motors, and particularly how they are anchored in the absence of a peptidoglycan cell wall, is unknown. Here, we use electron cryotomography to visualize the archaellar basal body in KOD1. Compared to the homologous bacterial type IV pilus (T4P), we observe structural similarities as well as several unique features. While the position of the cytoplasmic ATPase appears conserved, it is not braced by linkages that extend upward through the cell envelope as in the T4P, but rather by cytoplasmic components that attach it to a large conical frustum up to 500 nm in diameter at its base. In addition to anchoring the lophotrichous bundle of archaella, the conical frustum associates with chemosensory arrays and ribosome-excluding material and may function as a polar organizing center for the coccoid cells.
履歴
登録2017年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2017年7月26日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8603.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 977.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.6 Å/pix.
x 50 pix.
= 330. Å		6.6 Å/pix.
x 100 pix.
= 660. Å		6.6 Å/pix.
x 50 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.067 / ムービー #1: 0.067
最小 - 最大0.012801021 - 0.1403
平均 (標準偏差)0.05666378 (±0.01550041)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1005050
Spacing5010050
セルA: 330.0 Å / B: 660.0 Å / C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.66.66.6
M x/y/z5010050
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000660.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS5010050
D min/max/mean0.0130.1400.057

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Archaellar motor

全体名称: Archaellar motor
要素
  • 複合体: Archaellar motor

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超分子 #1: Archaellar motor

超分子名称: Archaellar motor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakaraensis (古細菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C20 (20回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用したサブトモグラム数: 30
抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 30 / ソフトウェア - 名称: PEET
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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