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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8599 | |||||||||
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タイトル | Samba Virus tomogram | |||||||||
![]() | Samba Virus particle | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Schrad JR / Young EJ / Abrahao JS / Cortines JR / Parent KN | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Microscopic Characterization of the Brazilian Giant Samba Virus. 著者: Jason R Schrad / Eric J Young / Jônatas S Abrahão / Juliana R Cortines / Kristin N Parent / ![]() ![]() ![]() 要旨: Prior to the discovery of the mimivirus in 2003, viruses were thought to be physically small and genetically simple. Mimivirus, with its ~750-nm particle size and its ~1.2-Mbp genome, shattered these ...Prior to the discovery of the mimivirus in 2003, viruses were thought to be physically small and genetically simple. Mimivirus, with its ~750-nm particle size and its ~1.2-Mbp genome, shattered these notions and changed what it meant to be a virus. Since this discovery, the isolation and characterization of giant viruses has exploded. One of the more recently discovered giant viruses, Samba virus, is a that was isolated from the Rio Negro in the Brazilian Amazon. Initial characterization of Samba has revealed some structural information, although the preparation techniques used are prone to the generation of structural artifacts. To generate more native-like structural information for Samba, we analyzed the virus through cryo-electron microscopy, cryo-electron tomography, scanning electron microscopy, and fluorescence microscopy. These microscopy techniques demonstrated that Samba particles have a capsid diameter of ~527 nm and a fiber length of ~155 nm, making Samba the largest yet characterized. We also compared Samba to a fiberless mimivirus variant. Samba particles, unlike those of mimivirus, do not appear to be rigid, and quasi-icosahedral, although the two viruses share many common features, including a multi-layered capsid and an asymmetric nucleocapsid, which may be common amongst the . | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 225.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 207.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 225.8 MB 225.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 257.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 257.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Samba Virus particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 14.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Samba Virus particle, inverted map
ファイル | emd_8599_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Samba Virus particle, inverted map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Samba Virus particle, inverted map
ファイル | emd_8599_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Samba Virus particle, inverted map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Samba virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Samba virus
超分子 | 名称: Samba virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1461100 / 生物種: Samba virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 8400.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: sodium phosphate |
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グリッド | モデル: Quantifoil 3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Aldrich / 直径: 10 nm |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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温度 | 最低: 83.0 K / 最高: 83.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-45 / 撮影したグリッド数: 17 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2 詳細: 63 tilt series were collected. From these, 20 complete tomograms were produced, capturing 34 particles. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 25.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 倍率(公称値): 4000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
詳細 | The selected images were motion-corrected and corrected for the gain and dark references prior to performance of the tomographic reconstructions. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: ![]() |