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万見
- EMDB-8398: Single particle cryo-EM reconstruction of the Salmonella SPI-1 ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8398
タイトルSingle particle cryo-EM reconstruction of the Salmonella SPI-1 type III secretion injectisome basal body at 4.3 Angstrom resolution
マップデータ24-fold averaged map of the basal body complex
試料
  • 複合体: Type III secretion injectisome basal body
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein PrgK
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgH
キーワードBacterial / secretion / injectisome / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PrgH / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Worrall LJ / Hong C
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Near-atomic-resolution cryo-EM analysis of the Salmonella T3S injectisome basal body.
著者: L J Worrall / C Hong / M Vuckovic / W Deng / J R C Bergeron / D D Majewski / R K Huang / T Spreter / B B Finlay / Z Yu / N C J Strynadka /
要旨: The type III secretion (T3S) injectisome is a specialized protein nanomachine that is critical for the pathogenicity of many Gram-negative bacteria, including purveyors of plague, typhoid fever, ...The type III secretion (T3S) injectisome is a specialized protein nanomachine that is critical for the pathogenicity of many Gram-negative bacteria, including purveyors of plague, typhoid fever, whooping cough, sexually transmitted infections and major nosocomial infections. This syringe-shaped 3.5-MDa macromolecular assembly spans both bacterial membranes and that of the infected host cell. The internal channel formed by the injectisome allows for the direct delivery of partially unfolded virulence effectors into the host cytoplasm. The structural foundation of the injectisome is the basal body, a molecular lock-nut structure composed predominantly of three proteins that form highly oligomerized concentric rings spanning the inner and outer membranes. Here we present the structure of the prototypical Salmonella enterica serovar Typhimurium pathogenicity island 1 basal body, determined using single-particle cryo-electron microscopy, with the inner-membrane-ring and outer-membrane-ring oligomers defined at 4.3 Å and 3.6 Å resolution, respectively. This work presents the first, to our knowledge, high-resolution structural characterization of the major components of the basal body in the assembled state, including that of the widespread class of outer-membrane portals known as secretins.
履歴
登録2016年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月9日-
マップ公開2016年12月21日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5tcp
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5tcp
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5tcp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8398.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈24-fold averaged map of the basal body complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 300 pix.
= 513. Å		1.71 Å/pix.
x 300 pix.
= 513. Å		1.71 Å/pix.
x 300 pix.
= 513. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.2226074 - 0.2467463
平均 (標準偏差)0.0002957704 (±0.011063291)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 513.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z513.000513.000513.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2230.2470.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type III secretion injectisome basal body

全体名称: Type III secretion injectisome basal body
要素
  • 複合体: Type III secretion injectisome basal body
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein PrgK
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgH

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超分子 #1: Type III secretion injectisome basal body

超分子名称: Type III secretion injectisome basal body / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: PrgH130-392 mutant
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 2 MDa

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分子 #1: Lipoprotein PrgK

分子名称: Lipoprotein PrgK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 26.199723 KDa
配列文字列: CKDKDLLKGL DQEQANEVIA VLQMHNIEAN KIDSGKLGYS ITVAEPDFTA AVYWIKTYQL PPRPRVEIAQ MFPADSLVSS PRAEKARLY SAIEQRLEQS LQTMEGVLSA RVHISYDIDA GENGRPPKPV HLSALAVYER GSPLAHQISD IKRFLKNSFA D VDYDNISV ...文字列:
CKDKDLLKGL DQEQANEVIA VLQMHNIEAN KIDSGKLGYS ITVAEPDFTA AVYWIKTYQL PPRPRVEIAQ MFPADSLVSS PRAEKARLY SAIEQRLEQS LQTMEGVLSA RVHISYDIDA GENGRPPKPV HLSALAVYER GSPLAHQISD IKRFLKNSFA D VDYDNISV VLSERSDAQL QAPGTPVKRN SFATSWIVLI ILLSVMSAGF GVWYYKNHYA RNKKGITADD KAKSSNE

UniProtKB: Lipoprotein PrgK

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分子 #2: Protein PrgH

分子名称: Protein PrgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 30.360537 KDa
配列文字列: SAKKNEPRFK NGIVAALAGF FILGIGTVGT LWILNSPQRQ AAELDSLLGQ EKERFQVLPG RDKMLYVAAQ NERDTLWARQ VLARGDYDK NARVINENEE NKRISIWLDT YYPQLAYYRI HFDEPRKPVF WLSRQRNTMS KKELEVLSQK LRALMPYADS V NITLMDDV ...文字列:
SAKKNEPRFK NGIVAALAGF FILGIGTVGT LWILNSPQRQ AAELDSLLGQ EKERFQVLPG RDKMLYVAAQ NERDTLWARQ VLARGDYDK NARVINENEE NKRISIWLDT YYPQLAYYRI HFDEPRKPVF WLSRQRNTMS KKELEVLSQK LRALMPYADS V NITLMDDV TAAGQAEAGL KQQALPYSRR NHKGGVTFVI QGALDDVEIL RARQFVDSYY RTWGGRYVQF AIELKDDWLK GR SFQYGAE GYIKMSPGHW YFPSPL

UniProtKB: Protein PrgH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
500.0 mMNaClsodium chloride
0.2 %LDAO
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2515 / 平均露光時間: 0.375 sec. / 平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 倍率（補正後）: 29240 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 263900
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: e2initialmodel.py
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C24 (24回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 詳細: Limited frequency refinement in Frealign / 使用した粒子像数: 67800
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: RELION, FREALIGN)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN

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原子モデル構築 1

詳細Initial fitting was carried out with Chimera, followed by rebuilding and refinement in Rosetta, Phenix, and Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5tcp:
Near-atomic resolution cryo-EM structure of the periplasmic domains of PrgH and PrgK

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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