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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8312 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 trimer in complex with 3 copies of rabbit antibody 10A fragment antigen binding | |||||||||
マップデータ | HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 trimer in complex with rabbit antibody 10A Fab | |||||||||
試料 |
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生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ozorowski G / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016 タイトル: Holes in the Glycan Shield of the Native HIV Envelope Are a Target of Trimer-Elicited Neutralizing Antibodies. 著者: Laura E McCoy / Marit J van Gils / Gabriel Ozorowski / Terrence Messmer / Bryan Briney / James E Voss / Daniel W Kulp / Matthew S Macauley / Devin Sok / Matthias Pauthner / Sergey Menis / ...著者: Laura E McCoy / Marit J van Gils / Gabriel Ozorowski / Terrence Messmer / Bryan Briney / James E Voss / Daniel W Kulp / Matthew S Macauley / Devin Sok / Matthias Pauthner / Sergey Menis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jessica Hsueh / William R Schief / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / Dennis R Burton / 要旨: A major advance in the search for an HIV vaccine has been the development of a near-native Envelope trimer (BG505 SOSIP.664) that can induce robust autologous Tier 2 neutralization. Here, potently ...A major advance in the search for an HIV vaccine has been the development of a near-native Envelope trimer (BG505 SOSIP.664) that can induce robust autologous Tier 2 neutralization. Here, potently neutralizing monoclonal antibodies (nAbs) from rabbits immunized with BG505 SOSIP.664 are shown to recognize an immunodominant region of gp120 centered on residue 241. Residue 241 occupies a hole in the glycan defenses of the BG505 isolate, with fewer than 3% of global isolates lacking a glycan site at this position. However, at least one conserved glycan site is missing in 89% of viruses, suggesting the presence of glycan holes in most HIV isolates. Serum evidence is consistent with targeting of holes in natural infection. The immunogenic nature of breaches in the glycan shield has been under-appreciated in previous attempts to understand autologous neutralizing antibody responses and has important potential consequences for HIV vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8312.map.gz | 11.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8312-v30.xml emd-8312.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8312.png | 79.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8312 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8312 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 trimer in complex with rabbit antibody 10A Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.57 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 10A fra...
全体 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 10A fragment antigen binding |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 10A fra...
超分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 10A fragment antigen binding タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: Rabbit antibody 10A fragment antigen binding
超分子 | 名称: Rabbit antibody 10A fragment antigen binding / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 詳細: Fab generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pCMV3 |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
-超分子 #3: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
超分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4 |
分子量 | 理論値: 420 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate 詳細: 2% uranyl formate used to stain sample for 60 seconds. |
グリッド | モデル: EMS Cu400 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: PARLODION / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
詳細 | Complex formed by overnight incubation of Fab with Env at a 6x molar excess of Fab to Env and dilution to 0.03 mg/mL prior to grid adsorption. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 詳細: Stage tilts of -50, -40, -30, -20, -10, and 0 degrees were performed to increase orientation sampling. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE 詳細: Initial model created using representative 2D class averages |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 7050 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / ソフトウェア - 詳細: e2initialmodel |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |