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- EMDB-8310: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 trimer in complex with 3 copies of rabb... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8310
タイトルHIV-1 Env BG505 SOSIP.664 trimer in complex with 3 copies of rabbit antibody 11B fragment antigen binding
マップデータHIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with 3 copies of rabbit antibody 11B fragment antigen binding
試料
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 11B fragment antigen binding
    • 複合体: Rabbit antibody 11B fragment antigen binding
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Ozorowski G / Ward AB
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Holes in the Glycan Shield of the Native HIV Envelope Are a Target of Trimer-Elicited Neutralizing Antibodies.
著者: Laura E McCoy / Marit J van Gils / Gabriel Ozorowski / Terrence Messmer / Bryan Briney / James E Voss / Daniel W Kulp / Matthew S Macauley / Devin Sok / Matthias Pauthner / Sergey Menis / ...著者: Laura E McCoy / Marit J van Gils / Gabriel Ozorowski / Terrence Messmer / Bryan Briney / James E Voss / Daniel W Kulp / Matthew S Macauley / Devin Sok / Matthias Pauthner / Sergey Menis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jessica Hsueh / William R Schief / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / Dennis R Burton /
要旨: A major advance in the search for an HIV vaccine has been the development of a near-native Envelope trimer (BG505 SOSIP.664) that can induce robust autologous Tier 2 neutralization. Here, potently ...A major advance in the search for an HIV vaccine has been the development of a near-native Envelope trimer (BG505 SOSIP.664) that can induce robust autologous Tier 2 neutralization. Here, potently neutralizing monoclonal antibodies (nAbs) from rabbits immunized with BG505 SOSIP.664 are shown to recognize an immunodominant region of gp120 centered on residue 241. Residue 241 occupies a hole in the glycan defenses of the BG505 isolate, with fewer than 3% of global isolates lacking a glycan site at this position. However, at least one conserved glycan site is missing in 89% of viruses, suggesting the presence of glycan holes in most HIV isolates. Serum evidence is consistent with targeting of holes in natural infection. The immunogenic nature of breaches in the glycan shield has been under-appreciated in previous attempts to understand autologous neutralizing antibody responses and has important potential consequences for HIV vaccine design.
履歴
登録2016年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月7日-
マップ公開2016年9月7日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8310.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with 3 copies of rabbit antibody 11B fragment antigen binding
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12. / ムービー #1: 12
最小 - 最大-11.349758 - 43.618859999999998
平均 (標準偏差)0.25885347 (±3.3880498)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-11.35043.6190.259

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 11B fra...

全体名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 11B fragment antigen binding
要素
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 11B fragment antigen binding
    • 複合体: Rabbit antibody 11B fragment antigen binding
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664

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超分子 #1: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 11B fra...

超分子名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 11B fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 570 KDa

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超分子 #2: Rabbit antibody 11B fragment antigen binding

超分子名称: Rabbit antibody 11B fragment antigen binding / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pCMV3
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #3: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664

超分子名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4
分子量理論値: 420 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: 2% uranyl formate used to stain sample for 60 seconds.
グリッドモデル: EMS Cu400 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: PARLODION / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
詳細Complex formed by overnight incubation of Fab with Env at a 6x molar excess of Fab to Env and dilution to 0.03 mg/mL prior to grid adsorption.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
詳細: Stage tilts of -50, -40, -30, -20, -10, and 0 degrees were performed to increase orientation sampling.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Initial model created using representative 2D class averages
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 8586
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / ソフトウェア - 詳細: e2initialmodel
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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