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- EMDB-8224: Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8224
タイトルStructure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring deletion in PilQ) in the closed state
マップデータNone
試料
  • 複合体: Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring deletion in PilQ) in the closed state from Thermus thermophilus
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Gold VAM / Salzer R / Averhoff B
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: Topology and Structure/Function Correlation of Ring- and Gate-forming Domains in the Dynamic Secretin Complex of Thermus thermophilus.
著者: Ralf Salzer / Edoardo D'Imprima / Vicki A M Gold / Ilona Rose / Moritz Drechsler / Janet Vonck / Beate Averhoff /
要旨: Secretins are versatile outer membrane pores used by many bacteria to secrete proteins, toxins, or filamentous phages; extrude type IV pili (T4P); or take up DNA. Extrusion of T4P and natural ...Secretins are versatile outer membrane pores used by many bacteria to secrete proteins, toxins, or filamentous phages; extrude type IV pili (T4P); or take up DNA. Extrusion of T4P and natural transformation of DNA in the thermophilic bacterium Thermus thermophilus requires a unique secretin complex comprising six stacked rings, a membrane-embedded cone structure, and two gates that open and close a central channel. To investigate the role of distinct domains in ring and gate formation, we examined a set of deletion derivatives by cryomicroscopy techniques. Here we report that maintaining the N0 ring in the deletion derivatives led to stable PilQ complexes. Analyses of the variants unraveled that an N-terminal domain comprising a unique βββαβ fold is essential for the formation of gate 2. Furthermore, we identified four βαββα domains essential for the formation of the N2 to N5 rings. Mutant studies revealed that deletion of individual ring domains significantly reduces piliation. The N1, N2, N4, and N5 deletion mutants were significantly impaired in T4P-mediated twitching motility, whereas the motility of the N3 mutant was comparable with that of wild-type cells. This indicates that the deletion of the N3 ring leads to increased pilus dynamics, thereby compensating for the reduced number of pili of the N3 mutant. All mutants exhibit a wild-type natural transformation phenotype, leading to the conclusion that DNA uptake is independent of functional T4P.
履歴
登録2016年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 158
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 158
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8224.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 501 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.56 Å
密度
表面レベル登録者による: 158. / ムービー #1: 158
最小 - 最大151. - 163.999979999999994
平均 (標準偏差)157.50030000000001 (±0.7866444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-13-13-17
サイズ404080
Spacing404080
セルA: 462.40002 Å / B: 462.40002 Å / C: 924.80005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z11.5611.5611.56
M x/y/z404080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z462.400462.400924.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-41
NX/NY/NZ737384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-13-13-17
NC/NR/NS404080
D min/max/mean151.000164.000157.500

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring dele...

全体名称: Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring deletion in PilQ) in the closed state from Thermus thermophilus
要素
  • 複合体: Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring deletion in PilQ) in the closed state from Thermus thermophilus

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超分子 #1: Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring dele...

超分子名称: Structure of a mutant type IV pilus machinery (delta N1 ring deletion in PilQ) in the closed state from Thermus thermophilus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
100.0 mMEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 20 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Cell solutions were mixed 1:1 (v/v) with 10 nm ProteinA-gold particles. 3 microlitres of sample were applied to grids and blotted on one side for ~5s before plunging.
詳細Cellular suspension

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Each image in every tilt series is a drift corrected sum of 3-5 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 倍率（公称値）: 10000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: Resolution estimate was calculated using a mask to exclude the membrane and peptidoglycan. C12 symmetry was applied to the masked central PilQ core by rotation of each subvolume by 30 degrees ...詳細: Resolution estimate was calculated using a mask to exclude the membrane and peptidoglycan. C12 symmetry was applied to the masked central PilQ core by rotation of each subvolume by 30 degrees (360 degrees/12) prior to alignment search.
使用したサブトモグラム数: 432
抽出トモグラム数: 8 / 使用した粒子像数: 36 / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8.46)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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