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- EMDB-8197: Structure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with cadmium acetate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8197
タイトルStructure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with cadmium acetate determined by MicroED
マップデータNNQQNY from yeast prion Sup35 with cadmium acetate
試料
  • 複合体: Prion fibril composed of a 6-residue segment of Sup35 and cadmium
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
  • リガンド: CADMIUM ION
  • リガンド: ACETATE ION
  • リガンド: water
キーワードamyloid / yeast prion / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Termination / translation release factor complex / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...Eukaryotic Translation Termination / translation release factor complex / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain ...Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Rodriguez JA / Sawaya MR
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0445429 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01-AG029430 米国
Alzheimer's Disease Reasearch Center 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Giannini Foundation 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Ab initio structure determination from prion nanocrystals at atomic resolution by MicroED.
著者: Michael R Sawaya / Jose Rodriguez / Duilio Cascio / Michael J Collazo / Dan Shi / Francis E Reyes / Johan Hattne / Tamir Gonen / David S Eisenberg /
要旨: Electrons, because of their strong interaction with matter, produce high-resolution diffraction patterns from tiny 3D crystals only a few hundred nanometers thick in a frozen-hydrated state. This ...Electrons, because of their strong interaction with matter, produce high-resolution diffraction patterns from tiny 3D crystals only a few hundred nanometers thick in a frozen-hydrated state. This discovery offers the prospect of facile structure determination of complex biological macromolecules, which cannot be coaxed to form crystals large enough for conventional crystallography or cannot easily be produced in sufficient quantities. Two potential obstacles stand in the way. The first is a phenomenon known as dynamical scattering, in which multiple scattering events scramble the recorded electron diffraction intensities so that they are no longer informative of the crystallized molecule. The second obstacle is the lack of a proven means of de novo phase determination, as is required if the molecule crystallized is insufficiently similar to one that has been previously determined. We show with four structures of the amyloid core of the Sup35 prion protein that, if the diffraction resolution is high enough, sufficiently accurate phases can be obtained by direct methods with the cryo-EM method microelectron diffraction (MicroED), just as in X-ray diffraction. The success of these four experiments dispels the concern that dynamical scattering is an obstacle to ab initio phasing by MicroED and suggests that structures of novel macromolecules can also be determined by direct methods.
履歴
登録2016年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月14日-
マップ公開2016年9月14日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5k2f
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5k2f
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8197.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NNQQNY from yeast prion Sup35 with cadmium acetate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.31 Å/pix.
x 23 pix.
= 4.928 Å		0.32 Å/pix.
x 123 pix.
= 22.032 Å		0.33 Å/pix.
x 123 pix.
= 23.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.324 Å / Y: 0.308 Å / Z: 0.327 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.4 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.78100383 - 4.306345
平均 (標準偏差)-0.0027075012 (±0.31504813)
対称性空間群: 4
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-54-72-3
サイズ12312323
Spacing681672
セルA: 22.032 Å / B: 4.928 Å / C: 23.543999 Å
α: 90.0 ° / β: 104.288 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.3240.3080.327
M x/y/z681672
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z22.0324.92823.544
α/β/γ90.000104.28890.000
start NX/NY/NZ-54-3-72
NX/NY/NZ12323123
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-72-54-3
NC/NR/NS12312323
D min/max/mean-0.7814.306-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Prion fibril composed of a 6-residue segment of Sup35 and cadmium

全体名称: Prion fibril composed of a 6-residue segment of Sup35 and cadmium
要素
  • 複合体: Prion fibril composed of a 6-residue segment of Sup35 and cadmium
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
  • リガンド: CADMIUM ION
  • リガンド: ACETATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Prion fibril composed of a 6-residue segment of Sup35 and cadmium

超分子名称: Prion fibril composed of a 6-residue segment of Sup35 and cadmium
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 3.25 kDa/nm

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分子 #1: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

分子名称: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 779.755 Da
配列文字列:
NNQQNY

UniProtKB: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

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分子 #2: CADMIUM ION

分子名称: CADMIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CD
分子量理論値: 112.411 Da

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分子 #3: ACETATE ION

分子名称: ACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ACT
分子量理論値: 59.044 Da
Chemical component information

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度30 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
0.1 MC8H18N2O4SHEPES
1.0 MNaC2H3O2sodium acetate
0.01 MZnSO4zinc sulfate
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
詳細crystal
結晶化脂質混合液: none / 装置: 24-well plate
雰囲気: in air, in sealed chamber, in equilibrium with reservoir solution
温度: 298.0 K / 時間: 1.0 DAY
詳細: Crystals were grown by hanging-drop vapor diffusion at ~20 degrees C. The reservoir solution contained 100 mM HEPES, pH 7.0, and 1 M sodium acetate (pH not adjusted). Drops were prepared by ...詳細: Crystals were grown by hanging-drop vapor diffusion at ~20 degrees C. The reservoir solution contained 100 mM HEPES, pH 7.0, and 1 M sodium acetate (pH not adjusted). Drops were prepared by pipetting 5 microliters of 30 mg/mL aqueous peptide solution, 4 microliters of reservoir solution, and 1 microliter of 0.1 M zinc sulfate onto a glass coverslip. Crystals grew within a day.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 回折像の数: 650 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
詳細: The detector was operated in rolling shutter mode with 2x2 pixel binning.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1350 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: SHELXD (ver. 2013/2) / ソフトウェア - 詳細: direct methods
詳細: The density map was obtained using measured diffraction intensities and phases acquired from crystallographic direct methods program SHELXD.
Merging software listソフトウェア - 名称: SCALEPACK (ver. 1.98.7)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 16753 / Number structure factors: 2399 / Fourier space coverage: 82.7 / R sym: 15.1 / R merge: 15.1 / Overall phase error: 0.1 / Overall phase residual: 0.1 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.0 Å
詳細: Phase statistics are not applicable. No imaging was used. The phases were obtained by a crystallographic direct methods program, SHELXD.
殻:
Shell IDHigh resolutionLow resolutionNumber structure factorsPhase residualFourier space coverageMultiplicity
11.71 Å90.0 Å5910.189.55.0
21.36 Å1.71 Å5780.192.5999999999999944.9
31.19 Å1.36 Å5340.189.4000000000000064.7
41.08 Å1.19 Å4960.182.4000000000000064.7
51.0 Å1.08 Å3650.166.03.3

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 6.44 / 当てはまり具合の基準: maximum likelihood
得られたモデル

PDB-5k2f:
Structure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with cadmium acetate determined by MicroED

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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