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万見
- EMDB-8173: CryoET of MEF Cells and Associated Manual Segmentation of Microtu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8173
タイトルCryoET of MEF Cells and Associated Manual Segmentation of Microtubule and Actin
マップデータMouse Embryonic Fibroblast Cells
試料
  • 細胞: Microtubule and Actin from Mouse Embryonic Fibroblast Cells
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hecksel CW / Darrow MC / Dai W / Galaz-Montoya JG / Chin JA / Mitchell PG / Chen S / Jakana J / Schmid MF / Chiu W
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)PN2EY016525 米国
Ovarian Cancer Research Fund5-258813 米国
Robert A. Welch FoundationQ1242 米国
引用ジャーナル: Microsc Microanal / 年: 2016
タイトル: Quantifying Variability of Manual Annotation in Cryo-Electron Tomograms.
著者: Corey W Hecksel / Michele C Darrow / Wei Dai / Jesús G Galaz-Montoya / Jessica A Chin / Patrick G Mitchell / Shurui Chen / Jemba Jakana / Michael F Schmid / Wah Chiu /
要旨: Although acknowledged to be variable and subjective, manual annotation of cryo-electron tomography data is commonly used to answer structural questions and to create a "ground truth" for evaluation ...Although acknowledged to be variable and subjective, manual annotation of cryo-electron tomography data is commonly used to answer structural questions and to create a "ground truth" for evaluation of automated segmentation algorithms. Validation of such annotation is lacking, but is critical for understanding the reproducibility of manual annotations. Here, we used voxel-based similarity scores for a variety of specimens, ranging in complexity and segmented by several annotators, to quantify the variation among their annotations. In addition, we have identified procedures for merging annotations to reduce variability, thereby increasing the reliability of manual annotation. Based on our analyses, we find that it is necessary to combine multiple manual annotations to increase the confidence level for answering structural questions. We also make recommendations to guide algorithm development for automated annotation of features of interest.
履歴
登録2016年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月8日-
マップ公開2016年6月8日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8173.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Mouse Embryonic Fibroblast Cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
18.21 Å/pix.
x 86 pix.
= 1566.06 Å		18.21 Å/pix.
x 420 pix.
= 7648.2 Å		18.21 Å/pix.
x 412 pix.
= 7502.52 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 18.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-28525 - 21216
平均 (標準偏差)201.44069 (±2240.8333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ42041286
Spacing41242086
セルA: 7502.5195 Å / B: 7648.1997 Å / C: 1566.0599 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z18.2118.2118.21
M x/y/z41242086
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z7502.5207648.2001566.060
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS41242086
D min/max/mean-28525.00021216.000201.441

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_8173_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #10

ファイルemd_8173_msk_10.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #11

ファイルemd_8173_msk_11.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #12

ファイルemd_8173_msk_12.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #13

ファイルemd_8173_msk_13.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #14

ファイルemd_8173_msk_14.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_8173_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_8173_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #4

ファイルemd_8173_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #5

ファイルemd_8173_msk_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #6

ファイルemd_8173_msk_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #7

ファイルemd_8173_msk_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #8

ファイルemd_8173_msk_8.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #9

ファイルemd_8173_msk_9.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

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全体 : Microtubule and Actin from Mouse Embryonic Fibroblast Cells

全体名称: Microtubule and Actin from Mouse Embryonic Fibroblast Cells
要素
  • 細胞: Microtubule and Actin from Mouse Embryonic Fibroblast Cells

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超分子 #1: Microtubule and Actin from Mouse Embryonic Fibroblast Cells

超分子名称: Microtubule and Actin from Mouse Embryonic Fibroblast Cells
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: embryonic fibroblast

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMCaCl2calcium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
25.0 uMRho kinase inhibitor (Y27632)

詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 21 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Plunged into liquid ethane (LEICA EM GP).
詳細Intact mammalian cells
Cryo protectantRinger's Solution
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
温度最低: 98.0 K / 最高: 98.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 12000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: Final reconstruction was binned by two before segmentation.
使用した粒子像数: 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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