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- EMDB-8161: Nervous wreck (Nwk aa 1-731) on lipid monolayer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8161
タイトルNervous wreck (Nwk aa 1-731) on lipid monolayer
マップデータNervous wreck (Nwk aa 1-731) on lipid monolayer
試料
  • 細胞: Nervous wreck (Nwk aa 1-731), containing a 6-hisXpress N-terminal tag, on membrane monolayer
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Rodal AA / Sokolova OS / Stanishneva-Konovalova TB
資金援助 米国, ロシア, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420382 米国
RSF14-14-00234 ロシア
Pew Charitable Trustsnone 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Coordinated autoinhibition of F-BAR domain membrane binding and WASp activation by Nervous Wreck.
著者: Tatiana B Stanishneva-Konovalova / Charlotte F Kelley / Tania L Eskin / Emily M Messelaar / Steven A Wasserman / Olga S Sokolova / Avital A Rodal /
要旨: Membrane remodeling by Fes/Cip4 homology-Bin/Amphiphysin/Rvs167 (F-BAR) proteins is regulated by autoinhibitory interactions between their SRC homology 3 (SH3) and F-BAR domains. The structural basis ...Membrane remodeling by Fes/Cip4 homology-Bin/Amphiphysin/Rvs167 (F-BAR) proteins is regulated by autoinhibitory interactions between their SRC homology 3 (SH3) and F-BAR domains. The structural basis of autoregulation, and whether it affects interactions of SH3 domains with other cellular ligands, remain unclear. Here we used single-particle electron microscopy to determine the structure of the F-BAR protein Nervous Wreck (Nwk) in both soluble and membrane-bound states. On membrane binding, Nwk SH3 domains do not completely dissociate from the F-BAR dimer, but instead shift from its concave surface to positions on either side of the dimer. Unexpectedly, along with controlling membrane binding, these autoregulatory interactions inhibit the ability of Nwk-SH3a to activate Wiskott-Aldrich syndrome protein (WASp)/actin related protein (Arp) 2/3-dependent actin filament assembly. In Drosophila neurons, Nwk autoregulation restricts SH3a domain-dependent synaptopod formation, synaptic growth, and actin organization. Our results define structural rearrangements in Nwk that control F-BAR-membrane interactions as well as SH3 domain activities, and suggest that these two functions are tightly coordinated in vitro and in vivo.
履歴
登録2016年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2016年9月7日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8161.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nervous wreck (Nwk aa 1-731) on lipid monolayer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 435.2 Å		3.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 435.2 Å		3.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.44 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-0.114943534 - 0.6
平均 (標準偏差)0.0076197926 (±0.050582502)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.43.43.4
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.200435.200435.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1150.6000.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nervous wreck (Nwk aa 1-731), containing a 6-hisXpress N-terminal...

全体名称: Nervous wreck (Nwk aa 1-731), containing a 6-hisXpress N-terminal tag, on membrane monolayer
要素
  • 細胞: Nervous wreck (Nwk aa 1-731), containing a 6-hisXpress N-terminal tag, on membrane monolayer

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超分子 #1: Nervous wreck (Nwk aa 1-731), containing a 6-hisXpress N-terminal...

超分子名称: Nervous wreck (Nwk aa 1-731), containing a 6-hisXpress N-terminal tag, on membrane monolayer
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 1% uranyl acetate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 9.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Tilt angle: 45 degrees
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.09) / 使用した粒子像数: 4050
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.09)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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