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- EMDB-8147: Cryo-EM structure of Human Papillomavirus Type 59 L1 Virus-like P... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8147
タイトルCryo-EM structure of Human Papillomavirus Type 59 L1 Virus-like Particle
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
キーワードCapsid / T=7 icosahedral / Virus-like Particle / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Li ZH / Yan XD
資金援助 中国, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation81172885 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37-GM33050 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The C-Terminal Arm of the Human Papillomavirus Major Capsid Protein Is Immunogenic and Involved in Virus-Host Interaction.
著者: Zhihai Li / Xiaodong Yan / Hai Yu / Daning Wang / Shuo Song / Yunbing Li / Maozhou He / Qiyang Hong / Qingbing Zheng / Qinjian Zhao / Ying Gu / Jun Zhang / Mandy E W Janssen / Giovanni ...著者: Zhihai Li / Xiaodong Yan / Hai Yu / Daning Wang / Shuo Song / Yunbing Li / Maozhou He / Qiyang Hong / Qingbing Zheng / Qinjian Zhao / Ying Gu / Jun Zhang / Mandy E W Janssen / Giovanni Cardone / Norman H Olson / Timothy S Baker / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Cervical cancer is the second most prevalent malignant tumor among women worldwide. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are believed to be the major causative pathogens of mucosal epithelial ...Cervical cancer is the second most prevalent malignant tumor among women worldwide. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are believed to be the major causative pathogens of mucosal epithelial cancers including cervical cancer. The HPV capsid is made up of 360 copies of major (L1) and 72 copies of minor (L2) capsid proteins. To date, limited high-resolution structural information about the HPV capsid has hindered attempts to understand details concerning the mechanisms by which HPV assembles and infects cells. In this study, we have constructed a pseudo-atomic model of the HPV59 L1-only capsid and demonstrate that the C-terminal arm of L1 participates in virus-host interactions. Moreover, when conjugated to a scaffold protein, keyhole limpet hemocyanin (KLH), this arm is immunogenic in vivo. These results provide new insights that will help elucidate HPV biology, and hence pave a way for the design of next-generation HPV vaccines.
履歴
登録2016年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月18日-
マップ公開2016年5月18日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5jb1
  • 表面レベル: 4.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5jb1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8147.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 820 pix.
= 910.2 Å		1.11 Å/pix.
x 820 pix.
= 910.2 Å		1.11 Å/pix.
x 820 pix.
= 910.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.25 / ムービー #1: 4.25
最小 - 最大-6.758176 - 14.132822000000001
平均 (標準偏差)-0.00000000105093 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-410-410-410
サイズ820820820
Spacing820820820
セルA=B=C: 910.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z820820820
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z910.200910.200910.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-410-410-410
NC/NR/NS820820820
D min/max/mean-6.75814.133-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus type 59

全体名称: Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)
要素
  • ウイルス: Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1

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超分子 #1: Human papillomavirus type 59

超分子名称: Human papillomavirus type 59 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 37115 / 生物種: Human papillomavirus type 59 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 580.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 55.978418 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKVYLPPPSV AKVVSTDEYV TRTSIFYHAG SSRLLTVGHP YFKVPKGGNG RQDVPKVSAY QYRVFRVKLP DPNKFGLPDN TVYDPNSQR LVWACVGVEI GRGQPLGVGL SGHPLYNKLD DTENSHVASA VDTKDTRDNV SVDYKQTQLC IIGCVPAIGE H WTKGTACK ...文字列:
MKVYLPPPSV AKVVSTDEYV TRTSIFYHAG SSRLLTVGHP YFKVPKGGNG RQDVPKVSAY QYRVFRVKLP DPNKFGLPDN TVYDPNSQR LVWACVGVEI GRGQPLGVGL SGHPLYNKLD DTENSHVASA VDTKDTRDNV SVDYKQTQLC IIGCVPAIGE H WTKGTACK PTTVVQGDCP PLELINTPIE DGDMVDTGYG AMDFKLLQDN KSEVPLDICQ SICKYPDYLQ MSADAYGDSM FF CLRREQV FARHFWNRSG TMGDQLPESL YIKGTDIRAN PGSYLYSPSP SGSVVTSDSQ LFNKPYWLHK AQGLNNGICW HNQ LFLTVV DTTRSTNLSV CASTTSSIPN VYTPTSFKEY ARHVEEFDLQ FIFQLCKITL TTEVMSYIHN MNTTILEDWN FGVT PPPTA SLVDTYRFVQ SAAVTCQKDT APPVKQDPYD KLKFWPVDLK ERFSADLDQF PLGRKFLLQL GARPKPTIGP RKRAA PAPT STPSPKRVKR RKSSRK

UniProtKB: Major capsid protein L1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
8.0 mg/mLNaClsodium chloride
0.2 mg/mLKClpotassium chloride
1.42 mg/mLNa2HPO4Disodium phosphate
0.24 mg/mLKH2PO4Monopotassium phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05)
詳細: The effective resolution was estimated based on the 0.5 criteria of FSC between the cryoEM structure and the final model derived from the density map.
使用した粒子像数: 3100
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5jb1:
Pseudo-atomic structure of Human Papillomavirus Type 59 L1 Virus-like Particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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