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万見
- EMDB-8146: Methanococcus jannaschii box C/D sRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8146
タイトルMethanococcus jannaschii box C/D sRNP
マップデータNone
試料
  • 複合体: Methanococcus janaschii box C/D sRNP
    • タンパク質・ペプチド: L7Ae
    • タンパク質・ペプチド: Nop5
    • タンパク質・ペプチド: Fibrillarin
    • RNA: Methanococcus jannaschii sR8 box C/D sRNA
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Yip WSV / Shigematsu H / Taylor DW / Baserga SJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115710 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2016
タイトル: Box C/D sRNA stem ends act as stabilizing anchors for box C/D di-sRNPs.
著者: W S Vincent Yip / Hideki Shigematsu / David W Taylor / Susan J Baserga /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) modifications are essential for ribosome function in all cellular organisms. Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze 2'-O-methylation, one rRNA ...Ribosomal RNA (rRNA) modifications are essential for ribosome function in all cellular organisms. Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze 2'-O-methylation, one rRNA modification type in Eukarya and Archaea. Negatively stained electron microscopy (EM) models of archaeal box C/D sRNPs have demonstrated the dimeric sRNP (di-sRNP) architecture, which has been corroborated by nuclear magnetic resonance (NMR) studies. Due to limitations of the structural techniques, the orientation of the box C/D sRNAs has remained unclear. Here, we have used cryo-EM to elucidate the sRNA orientation in a M. jannaschii box C/D di-sRNP. The cryo-EM reconstruction suggests a parallel orientation of the two sRNAs. Biochemical and structural analyses of sRNPs assembled with mutant sRNAs indicate a potential interaction between the sRNA stem ends. Our results suggest that the parallel arrangement of the sRNAs juxtaposes their stem ends into close proximity to allow for a stabilizing interaction that helps maintain the di-sRNP architecture.
履歴
登録2016年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月6日-
マップ公開2016年7月6日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0159
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0159
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.247 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0159 / ムービー #1: 0.0159
最小 - 最大-0.023278335 - 0.058725648
平均 (標準偏差)0.00010509183 (±0.002525227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 359.136 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2471.2471.247
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z359.136359.136359.136
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-144-144
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0230.0590.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Methanococcus janaschii box C/D sRNP

全体名称: Methanococcus janaschii box C/D sRNP
要素
  • 複合体: Methanococcus janaschii box C/D sRNP
    • タンパク質・ペプチド: L7Ae
    • タンパク質・ペプチド: Nop5
    • タンパク質・ペプチド: Fibrillarin
    • RNA: Methanococcus jannaschii sR8 box C/D sRNA

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超分子 #1: Methanococcus janaschii box C/D sRNP

超分子名称: Methanococcus janaschii box C/D sRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 366 KDa

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分子 #1: L7Ae

分子名称: L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAVYVKFKVP EEIQKELLDA VAKAQKIKKG ANEVTKAVER GIAKLVIIAE DVKPEEVVAH LPYLCEEKGI PYAYVASKQD LGKAAGLEVA ASSVAIINEG DAEELKVLIE KVNVLKQ

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分子 #2: Nop5

分子名称: Nop5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIYVTFTPYG AFGVKDNKEV SGLEDIEYKK LFNEEEIPDI MFKLKTQPNK IADELKEEWG DEIKLETLST EPFNIGEFLR NNLFKVGKEL GYFNNYDEFR KKMHYWSTEL TKKVIKSYAQ QKDKIIIQVA EAISDLDKTL NLLSERLREW YSLYFPELDH LVNKHEVYAN ...文字列:
MIYVTFTPYG AFGVKDNKEV SGLEDIEYKK LFNEEEIPDI MFKLKTQPNK IADELKEEWG DEIKLETLST EPFNIGEFLR NNLFKVGKEL GYFNNYDEFR KKMHYWSTEL TKKVIKSYAQ QKDKIIIQVA EAISDLDKTL NLLSERLREW YSLYFPELDH LVNKHEVYAN LITKLGKRKN FTKSQLKKIL PSKLAGKIAE AAKNSMGGEL EDYDLDVIVK FAEEINHLYE KRKELYNYLE KLMNEEAPNI TKLAGVSLGA RLIGLAGGLE KLAKMPASTI QVLGAEKALF AHLRMGVEPP KHGIIYNHPL IQGSPHWQRG KIARALACKL AIAARADYVG DYIADELLEK LNKRVEEIRR KYPKPPK

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分子 #3: Fibrillarin

分子名称: Fibrillarin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEDIKIKEIF ENIYEVDLGD GLKRIATKSI VKGKKVYDEK IIKIGDEEYR IWNPNKSKLA AAIIKGLKVM PIKRDSKILY LGASAGTTPS HVADIADKGI VYAIEYAPRI MRELLDACAE RENIIPILGD ANKPQEYANI VEKVDVIYED VAQPNQAEIL IKNAKWFLKK ...文字列:
MEDIKIKEIF ENIYEVDLGD GLKRIATKSI VKGKKVYDEK IIKIGDEEYR IWNPNKSKLA AAIIKGLKVM PIKRDSKILY LGASAGTTPS HVADIADKGI VYAIEYAPRI MRELLDACAE RENIIPILGD ANKPQEYANI VEKVDVIYED VAQPNQAEIL IKNAKWFLKK GGYGMIAIKA RSIDVTKDPK EIFKEQKEIL EAGGFKIVDE VDIEPFEKDH VMFVGIWEGK

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分子 #4: Methanococcus jannaschii sR8 box C/D sRNA

分子名称: Methanococcus jannaschii sR8 box C/D sRNA / タイプ: rna / ID: 4
配列文字列:
AAAUCGCCAA UGAUGACGAU UGGCUUUGCU GAGUCUGUGA UGAACCGUAU GAGCACUGAG GCGAUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClsodium chloride
1.5 mMMgCl2magnesium chloride
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Blotting time 5 seconds; Blot offset -1 mm; plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 833 / #0 - 平均露光時間: 4.25 sec. / #0 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2 / #0 - 詳細: Session 1 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 281 / #1 - 平均露光時間: 7.25 sec. / #1 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2 / #1 - 詳細: Session 2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#2 - 検出モード: COUNTING / #2 - 撮影したグリッド数: 1 / #2 - 実像数: 546 / #2 - 平均露光時間: 6.25 sec. / #2 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2 / #2 - 詳細: Session 3
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 164282
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND3CTFFIND3 was used for CTF estimation.
RELION (ver. 1.3)CTF was corrected in Relion using the parameters from CTFFIND3.

詳細: CTFFIND3 in Relion was used for CTF estimation
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1636


詳細: A Methanococcus jannaschii negatively-stained EM map low-passed to 60 Angstrom resolution was used as the initial model for 3D reconstruction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: 3D auto-refine
詳細: 3D refinement was performed on "shiny" particles that have beam-induced motions corrected by lm-bfgs alignparts.
使用した粒子像数: 32771
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Reion (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: Relion 3D auto-refine
詳細: Refinement was performed using Relion 3D auto-refine. Initial angular sampling was 7.5 degrees; initial offset range was 5 pixels; initial offset step was 1 pixel.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: Relion 3D auto-refine
詳細: Refinement was performed using Relion 3D auto-refine. Angular sampling, offset range, and offset step sizes were automatically adjusted in Relion.
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 24000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: Relion 3D Classification
詳細: 3D classification was performed on "shiny" particles that have beam-induced motions corrected by lm-bfgs alignparts.

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3nvi


2nnw

chain_id: A, residue_range: 8-126

2nnw

chain_id: B
詳細To perform rigid-body docking, two copies of the co-crystal structure from P. furiosus [PDB ID 3NVI, each containing two copies of L7Ae, kink-turn RNA, and Nop5 lacking the NTD (amino acids 127-373)] were docked as rigid bodies into the center of the EM volume (using "Fit in Map" in Chimera) based on prior knowledge of the location of the Nop5 coiled-coil domain. Subsequently, four copies of P. furiosus Nop5 N-terminal domain (amino acids 8-126) and fibrillarin from PDB ID 2NNW were docked into the four corners of the volume using "Fit to Segments" in Chimera without changing the relative orientation between the two proteins. To refine the docking, a simultaneous multi-fragment docking refinement was performed using Collage in Situs 2.8.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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