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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8096 | |||||||||
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タイトル | The Architecture of the Cytoplasmic Region of Type III Secretion Systems | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Makino F / Shen D / Kajimura N / Kawamoto A / Pissaridou P / Oswin H / Pain M / Murillo I / Namba K / Blocker AJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: The Architecture of the Cytoplasmic Region of Type III Secretion Systems. 著者: Fumiaki Makino / Dakang Shen / Naoko Kajimura / Akihiro Kawamoto / Panayiota Pissaridou / Henry Oswin / Maria Pain / Isabel Murillo / Keiichi Namba / Ariel J Blocker / 要旨: Type III secretion systems (T3SSs) are essential devices in the virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. They mediate injection of protein effectors of virulence from bacteria into ...Type III secretion systems (T3SSs) are essential devices in the virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. They mediate injection of protein effectors of virulence from bacteria into eukaryotic host cells to manipulate them during infection. T3SSs involved in virulence (vT3SSs) are evolutionarily related to bacterial flagellar protein export apparatuses (fT3SSs), which are essential for flagellar assembly and cell motility. The structure of the external and transmembrane parts of both fT3SS and vT3SS is increasingly well-defined. However, the arrangement of their cytoplasmic and inner membrane export apparatuses is much less clear. Here we compare the architecture of the cytoplasmic regions of the vT3SSs of Shigella flexneri and the vT3SS and fT3SS of Salmonella enterica serovar Typhimurium at ~5 and ~4 nm resolution using electron cryotomography and subtomogram averaging. We show that the cytoplasmic regions of vT3SSs display conserved six-fold symmetric features including pods, linkers and an ATPase complex, while fT3SSs probably only display six-fold symmetry in their ATPase region. We also identify other morphological differences between vT3SSs and fT3SSs, such as relative disposition of their inner membrane-attached export platform, C-ring/pods and ATPase complex. Finally, using classification, we find that both types of apparatuses can loose elements of their cytoplasmic region, which may therefore be dynamic. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8096.map.gz | 1.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8096-v30.xml emd-8096.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8096.png | 62 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8096 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8096_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8096_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8096_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8096 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The needle complex of Shigella flexneri
全体 | 名称: The needle complex of Shigella flexneri |
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要素 |
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-超分子 #1: The needle complex of Shigella flexneri
超分子 | 名称: The needle complex of Shigella flexneri / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) |
組換発現 | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 組換株: WT for minicells / 組換プラスミド: pBAD24 Salmonella ftsZ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1.0 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49030 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 10.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |