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- EMDB-80903: Biotin-bound SMVT in the occluded state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-80903
タイトルBiotin-bound SMVT in the occluded state
マップデータ
試料
  • 複合体: SMVT in complex with biotin in an occluded conformation
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent multivitamin transporter
  • リガンド: BIOTIN
キーワードSodium-dependent multivitamin transporter / SMVT / SLC5A6 / Biotin / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium-dependent multivitamin transmembrane transporter activity / pantothenate transmembrane transporter activity / pantothenate:sodium symporter activity / pantothenate transmembrane transport / biotin import across plasma membrane / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / vitamin transmembrane transporter activity / iodide transmembrane transport / biotin metabolic process / biotin transmembrane transporter activity ...sodium-dependent multivitamin transmembrane transporter activity / pantothenate transmembrane transporter activity / pantothenate:sodium symporter activity / pantothenate transmembrane transport / biotin import across plasma membrane / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / vitamin transmembrane transporter activity / iodide transmembrane transport / biotin metabolic process / biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / iodide transmembrane transporter activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Biotin transport and metabolism / sodium ion transport / transport across blood-brain barrier / basal plasma membrane / brush border membrane / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:solute symporter family signature 1. / Sodium/solute symporter, conserved site / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent multivitamin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang Z / Zhen Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471252 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis for multivitamin recognition and transport by human SMVT.
著者: Qiuxin Zhen / Mingshuai Wang / Zhe Zhang /
要旨: The human sodium-dependent multivitamin transporter (SMVT, SLC5A6) mediates cellular uptake of essential metabolic cofactors, including biotin, pantothenate, and lipoate. Its dysfunction is ...The human sodium-dependent multivitamin transporter (SMVT, SLC5A6) mediates cellular uptake of essential metabolic cofactors, including biotin, pantothenate, and lipoate. Its dysfunction is associated with neurological disorders, metabolic abnormalities, and cancer. However, the molecular mechanism underlying its multi-substrate transport has remained elusive. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human SMVT in three conformational states: occluded, outward-open, and inward-open. These structural snapshots capture the complete transport cycle and reveal a conserved substrate-binding pocket near a kinked transmembrane helix (TM1). Within this pocket, substrate carboxyl groups are electrostatically anchored, while distinct chemical moieties interact with specific polar and hydrophobic residues. Functional assays identify key binding residues and elucidate the pathogenic effects of disease-associated mutations. Further structural analysis delineates the principles of substrate discrimination within the SLC5 transporter family. Together, our work provides a structural framework for SMVT's polyspecificity and lays a foundation for understanding related diseases and developing targeted therapeutic strategies.
履歴
登録2026年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年7月8日-
マップ公開2026年7月8日-
更新2026年7月8日-
現状2026年7月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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emd_80903.png

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マップ

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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.5366671 - 1.6629083
平均 (標準偏差)0.00082051643 (±0.041120216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_80903_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_80903_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SMVT in complex with biotin in an occluded conformation

全体名称: SMVT in complex with biotin in an occluded conformation
要素
  • 複合体: SMVT in complex with biotin in an occluded conformation
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent multivitamin transporter
  • リガンド: BIOTIN

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超分子 #1: SMVT in complex with biotin in an occluded conformation

超分子名称: SMVT in complex with biotin in an occluded conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70 KDa

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分子 #1: Sodium-dependent multivitamin transporter

分子名称: Sodium-dependent multivitamin transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.000703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSVGVSTSAP LSPTSGTSVG MSTFSIMDYV VFVLLLVLSL AIGLYHACRG WGRHTVGELL MADRKMGCLP VALSLLATFQ SAVAILGVP SEIYRFGTQY WFLGCCYFLG LLIPAHIFIP VFYRLHLTSA YEYLELRFNK TVRVCGTVTF IFQMVIYMGV V LYAPSLAL ...文字列:
MSVGVSTSAP LSPTSGTSVG MSTFSIMDYV VFVLLLVLSL AIGLYHACRG WGRHTVGELL MADRKMGCLP VALSLLATFQ SAVAILGVP SEIYRFGTQY WFLGCCYFLG LLIPAHIFIP VFYRLHLTSA YEYLELRFNK TVRVCGTVTF IFQMVIYMGV V LYAPSLAL NAVTGFDLWL SVLALGIVCT VYTALGGLKA VIWTDVFQTL VMFLGQLAVI IVGSAKVGGL GRVWAVASQH GR ISGFELD PDPFVRHTFW TLAFGGVFMM LSLYGVNQAQ VQRYLSSRTE KAAVLSCYAV FPFQQVSLCV GCLIGLVMFA YYQ EYPMSI QQAQAAPDQF VLYFVMDLLK GLPGLPGLFI ACLFSGSLST ISSAFNSLAT VTMEDLIRPW FPEFSEARAI MLSR GLAFG YGLLCLGMAY ISSQMGPVLQ AAISIFGMVG GPLLGLFCLG MFFPCANPPG AVVGLLAGLV MAFWIGIGSI VTSMG SSMS RLEEELRRRL TETGLQRFYS LSYLWYSAHN STTVIVVGLI VSLLTGRMRG RSLNPATIYP VLPKLLSLLP LSCQKR LHC RSYGQDHLDT GLFPEKPRNG VLGDSRDKEA MALDGTAYQG SSSTCILQET SLSNSLEVLF Q

UniProtKB: Sodium-dependent multivitamin transporter, Sodium-dependent multivitamin transporter

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分子 #2: BIOTIN

分子名称: BIOTIN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: BTN
分子量理論値: 244.311 Da
Chemical component information

ChemComp-BTN:
BIOTIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 370720
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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