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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8089 | |||||||||
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タイトル | G1S VLP_VPP | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Chlanda P / Zimmerberg J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016 タイトル: The hemifusion structure induced by influenza virus haemagglutinin is determined by physical properties of the target membranes. 著者: Petr Chlanda / Elena Mekhedov / Hang Waters / Cindi L Schwartz / Elizabeth R Fischer / Rolf J Ryham / Fredric S Cohen / Paul S Blank / Joshua Zimmerberg / 要旨: Influenza A virus haemagglutinin conformational change drives the membrane fusion of viral and endosomal membranes at low pH. Membrane fusion proceeds through an intermediate called hemifusion(1,2). ...Influenza A virus haemagglutinin conformational change drives the membrane fusion of viral and endosomal membranes at low pH. Membrane fusion proceeds through an intermediate called hemifusion(1,2). For viral fusion, the hemifusion structures are not determined(3). Here, influenza virus-like particles(4) carrying wild-type haemagglutinin or haemagglutinin hemifusion mutant G1S(5) and liposome mixtures were studied at low pH by Volta phase plate cryo-electron tomography, which improves the signal-to-noise ratio close to focus. We determined two distinct hemifusion structures: a hemifusion diaphragm and a novel structure termed a 'lipidic junction'. Liposomes with lipidic junctions were ruptured with membrane edges stabilized by haemagglutinin. The rupture frequency and hemifusion diaphragm diameter were not affected by G1S mutation, but decreased when the cholesterol level in the liposomes was close to physiological concentrations. We propose that haemagglutinin induces a merger between the viral and target membranes by one of two independent pathways: a rupture-insertion pathway leading to the lipidic junction and a hemifusion-stalk pathway leading to a fusion pore. The latter is relevant under the conditions of influenza virus infection of cells. Cholesterol concentration functions as a pathway switch because of its negative spontaneous curvature in the target bilayer, as determined by continuum analysis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8089.map.gz | 18.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8089-v30.xml emd-8089.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8089.png | 238.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8089 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8089_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8089_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8089_validation.xml.gz | 498 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8089 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Influenza A virus
全体 | 名称: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza A virus
超分子 | 名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T / 組換プラスミド: pCAGGS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: EMS / 直径: 100 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: Imod / 使用した粒子像数: 60 |
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