[日本語] English
万見
- EMDB-8088: G1S VLP_noVPP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8088
タイトルG1S VLP_noVPP
マップデータG1S VLP_noVPP
試料
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chlanda P / Zimmerberg J
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: The hemifusion structure induced by influenza virus haemagglutinin is determined by physical properties of the target membranes.
著者: Petr Chlanda / Elena Mekhedov / Hang Waters / Cindi L Schwartz / Elizabeth R Fischer / Rolf J Ryham / Fredric S Cohen / Paul S Blank / Joshua Zimmerberg /
要旨: Influenza A virus haemagglutinin conformational change drives the membrane fusion of viral and endosomal membranes at low pH. Membrane fusion proceeds through an intermediate called hemifusion(1,2). ...Influenza A virus haemagglutinin conformational change drives the membrane fusion of viral and endosomal membranes at low pH. Membrane fusion proceeds through an intermediate called hemifusion(1,2). For viral fusion, the hemifusion structures are not determined(3). Here, influenza virus-like particles(4) carrying wild-type haemagglutinin or haemagglutinin hemifusion mutant G1S(5) and liposome mixtures were studied at low pH by Volta phase plate cryo-electron tomography, which improves the signal-to-noise ratio close to focus. We determined two distinct hemifusion structures: a hemifusion diaphragm and a novel structure termed a 'lipidic junction'. Liposomes with lipidic junctions were ruptured with membrane edges stabilized by haemagglutinin. The rupture frequency and hemifusion diaphragm diameter were not affected by G1S mutation, but decreased when the cholesterol level in the liposomes was close to physiological concentrations. We propose that haemagglutinin induces a merger between the viral and target membranes by one of two independent pathways: a rupture-insertion pathway leading to the lipidic junction and a hemifusion-stalk pathway leading to a fusion pore. The latter is relevant under the conditions of influenza virus infection of cells. Cholesterol concentration functions as a pathway switch because of its negative spontaneous curvature in the target bilayer, as determined by continuum analysis.
履歴
登録2016年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月23日-
マップ公開2016年6月8日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8088.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 36.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈G1S VLP_noVPP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.36 Å
密度
最小 - 最大-128. - 127.
平均 (標準偏差)48.204357000000002 (±13.228106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ466574144
Spacing574466144
セルA: 4224.64 Å / B: 3429.76 Å / C: 1059.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z7.367.367.36
M x/y/z574466144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z4224.6403429.7601059.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-25-77-48
NX/NY/NZ899896
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS574466144
D min/max/mean-128.000127.00048.204

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Influenza A virus

全体名称: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

-
超分子 #1: Influenza A virus

超分子名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T / 組換プラスミド: pCAGGS

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 100 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 60

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る