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- EMDB-8077: MicroED structure of proteinase K at 1.75 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8077
タイトルMicroED structure of proteinase K at 1.75 A resolution
マップデータNone
試料
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: water
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Engyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hattne J / Shi D
引用ジャーナル: J Appl Crystallogr / 年: 2016
タイトル: Modeling truncated pixel values of faint reflections in MicroED images.
著者: Johan Hattne / Dan Shi / M Jason de la Cruz / Francis E Reyes / Tamir Gonen /
要旨: The weak pixel counts surrounding the Bragg spots in a diffraction image are important for establishing a model of the background underneath the peak and estimating the reliability of the integrated ...The weak pixel counts surrounding the Bragg spots in a diffraction image are important for establishing a model of the background underneath the peak and estimating the reliability of the integrated intensities. Under certain circumstances, particularly with equipment not optimized for low-intensity measurements, these pixel values may be corrupted by corrections applied to the raw image. This can lead to truncation of low pixel counts, resulting in anomalies in the integrated Bragg intensities, such as systematically higher signal-to-noise ratios. A correction for this effect can be approximated by a three-parameter lognormal distribution fitted to the weakly positive-valued pixels at similar scattering angles. The procedure is validated by the improved refinement of an atomic model against structure factor amplitudes derived from corrected micro-electron diffraction (MicroED) images.
履歴
登録2016年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月4日-
マップ公開2016年6月8日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5i9s
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5i9s
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8077.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.57 Å/pix.
x 96 pix.
= 101.007 Å		0.6 Å/pix.
x 89 pix.
= 67.317 Å		0.6 Å/pix.
x 98 pix.
= 67.317 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.60105 Å / Y: 0.60105 Å / Z: 0.5739 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.15 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.46426287 - 1.267889
平均 (標準偏差)0.00013379476 (±0.16767947)
対称性空間群: 96
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-25-77-48
サイズ899896
Spacing112112176
セルA: 67.3174 Å / B: 67.3174 Å / C: 101.007 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.601044642857140.601044642857140.57390340909091
M x/y/z112112176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z67.31767.317101.007
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-25-77-48
NX/NY/NZ899896
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-77-25-48
NC/NR/NS988996
D min/max/mean-0.4641.2680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteinase K

全体名称: Proteinase K
要素
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Proteinase K

超分子名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Engyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.98 KDa

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分子 #1: Proteinase K

分子名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K
由来(天然)生物種: Engyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.958791 KDa
配列文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列:
AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTDI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA

UniProtKB: Proteinase K

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分子 #2: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 133 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度25 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称
1.2 Mammonium sulfate
0.1 MTris
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 184 / 回折像の数: 184 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 0.004 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1200 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.75 Å
Molecular replacementソフトウェア - 名称: MOLREP (ver. 11.4.03)
Symmetry determination software listソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.10.13)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.5.17)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 154259 / Number structure factors: 39563 / Fourier space coverage: 69 / R sym: 62.9 / R merge: 62.9 / Overall phase error: 28.86 / Overall phase residual: 37.73 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.3 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.75 Å / 殻 - Low resolution: 1.8065 Å / 殻 - Number structure factors: 2006 / 殻 - Phase residual: 56.6 / 殻 - Fourier space coverage: 94 / 殻 - Multiplicity: 4.4

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4woc


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-279
詳細Electron scattering factors
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 17.2
得られたモデル

PDB-5i9s:
MicroED structure of proteinase K at 1.75 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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